Совет халқының фашистік Германияға қарсы Ұлы Отан соғысы соғысы көптеген материалдық күшті керек етті, еңбекке жарайтын миллиондаған адамдарды бейбітшілік еңбектен бөлді. Соғыстың ауыр зардабы еліміздегі халық ағарту ісіне, совет мектебінің өміріне әсер етпей қойған жоқ.
Мұғалімдер мен оқушылар қорғаныс жұмыстарына, ауада қорғану, колхоз бен совхоздағы ауыл шаруашылық жұмыстарына, металл сынықтарын, дәрі-дәрмектер жию, ауруханадағы жаралыларға дәрігерлік жәрдем беру, әскер семьяларына қамқорлық жасау жұмыстарына белсене араласты.
Соғысқа жақын жерлердегі балалар тылға көшірілді. Жергілікті жерлерде ол балалар үшін үлкен қамқорлық жасалды. Мектеп-интернаттар ұйымдастырылды.
Қазақстанның барлық облыстарында да жаңадан балалар үйлері ашылды. Ұлы Отан соғысы жылдарында Қазақстанның балалар үйлерінде 46 мың бала тәрбиеленді.
Қазақстанға Москваның Совет, Пролетар, Таган аудандарының әкелері майданға, шешелері қорғанысқа еңбек етуге кеткен төменгі класс оқушыларын әкелді. Олар Алматы, Жамбыл және Қызылорда облыстарында интернаттар ұйымдастырылды.
Біздің Отанымыздың басына түскен ауыр сын сағаттарында Қазақстанда 149 майдан шебінен келген балалар мекемелері мен оқу орындарын орналастырды, оларды қамқорлыққа бөледі.
Бұл жылдары мыңдаған бала еңбекшілер семьяларына тәрбиеленуге берілді. Мектепте мұғалімдердің және оқу құралдарының жетімсіздігіне қарамастан, соғыс жылдарында балаларды жаппай оқуға тарту жұмыстары тоқтатылған жоқ, жеке пәндерді оқытуда балаларды патриоттық идеяда тәрбиелеу мәселесіне көп көңіл бөлінді, дене тәрбиесі дамытылды, жастарға ауыл шаруашылығына араласуға қажетті агротехникалық бідімдер берілді, халық арасында жалпы отан қорғау және саяси көпшілік жұмыстарын жүргізуге араласу, оқушыларды қоғамдық пайдалы еңбекке қатыстыру мәселелеріне жете көңіл бөлінді.
1944—1945 оқу жылынан бастап оқушылар мектепке жеті жастан алына бастады. Мектепті тастап, еңбекке араласқан жастар үшін 1943 жылдан бастап кешкі мектептер ашылды. Ұлы Отан соғысы жылдарында мектеп өміріне аздаған өзгерістер енгізілді. Бастауыш кластарда тарих, география, жаратылыс пәндері жеке оқытылмай, оқу сабағына қосылды.
1943 жылдан бастап «Оқушылар ережесі» енгізілді. Мұнда—оқушылардың мектеп, мұғалімдер, ата-ана және жолдастары алдындағы міндеттері, олардың мектептегі және мектептен тыс мінез-құлқы белгіленді. Мектептің оқу-тәрбие жұмысының жақсаруында «Оқушылар ережесін» енгізудің мәні өте зор болды.
Meктeп жұмысында белгілі кемшіліктер де орын алды. Оқытуда формализмге жол берілген жағдайлар да болды. Әсіресе орыс тілін оқытуда елеулі кемшіліктер кездесті, оқыту өмірден алшаң, мектеп бітірген жастардың практикалық даярлығы шамалы болды. Оқытуда социалистік жарыстың орын алуы балаларға көтерме баға қоюға әкеп соқты. Сондықтан оқу жұмысында социалистік жарысқа тыйым салынды. 1944 жылдың январында балалардың сабақ үлгіріміне бес балдың баға қою жүйесі енгізілді. Бұл жаңалық мұғалімдерден баға қоюға жауапты қарауды талап етті. 1943 жылы енгізілген ер балалар мен қыз балаларды бөлек мектептерде оқыту 1954 жылы қате шешім ретінде өзгертілді.
1944 жылы СССР Халық Комиссарлары Советі «Мектептегі оқу жұмысының сапасын жақсарту шаралары туралы» қаулы алды. Бұл қаулы бойынша бастауыш және жеті жылдық мектепті бітірушілер мектеп бітіру емтихандарын, ал мектепті бітірушілер кәмелеттік аттестат алу емтихандарын тапсыруға міндеттелді..
Совет мектебі және педагогикалың ғылымдарды дамыту мақсатымен 1943 жылы РСФСР Педагогикалық ғылымдар академиясы құрылды. Бұл академияға жалпы және арнаулы педагогика, педагогика тарихы, психология, мектеп гигиенасы және пәндерді оқыту методикасын зерттеу мәселелерімен шұғылдану міндеті жүктелді.