Белгілі болуынша табиғатта кездесетін тірі организмдер және оларды орап тұрған сансыз жыныстар бір – бірлерімен барлық уақытта өзара байланыста болады. Әрқандай үлкен – кішілі биологиялық система өзінде әрекетдегі организмдерді өз қатарына алады, олардың әрқайсысы және сыртқы орта факторлары және қатынастарын басқарып тұрады және сол система ішінде биотикалық түзілісте энергия ағымын, оның тірі және өлі бөлімінде заттар алмасуын қамтамасыз етеді. Мұндай бірлік экологиялық система немесе экологиялық жүйе деп аталады.
Экосистема – экологияның негізгі функционал бірлігі болып, оған өзара әсер етуші тірі организмдер және орта факторлары компоненттер енеді. Жер жүзінде тіршілікті тіршілік және табиғат заңдылықтарын экосистемалар дәрежесінде үйрену керек.
Жоғарыда айтылғандай биоценозды биотоп түсінігінен ажыратып болмайды. Себебі биотопты биоценоз өз ішіне алады. Онда тарқалады өмір сүреді, дамиды, әулет қалдырады. Биоценоз және оның биотобы бір – бірінен ажыралмайтын элементтер болып, олар бір – біріне әсер етеді және белгілі дәрежеде тұрақты экосистема құрайды. Экосистема екі бөлектен екі компоненттен құралған болып оның органик бөлімін биоценоздардағы тірі организмдер түрлері түзсе, бейорганик бөлімін – биотоп, сол түрлердің өмір сүру жерінен тұрады яғни :
Экосистема = биотоп + биоценоз = экосистема
Биологиялық және геохимиялық көзқараспен қаралғанда экосистема белгілі дәрежеде бір түрлілік ерекшеліктеріне ие. Экосистема компоненттері ішінде интенсив зат және энергия алмасу оның белгілеуші ерекшеліктері есептелінеді. Экосистема термодинамикалық жағынан ашық система болып, уақыт бойынша тұрғын болады. Экосистемаға енетін элементтер күн энергиясы, топырақтың минерал құрамы, атмосфера газдары және сулар болып, одан шығатын элементтер : ыстықтың, оттегі, СО2 және басқа биоген элементтер.
Экосистемалар ортаның органикалық және неорганикалық заттарын бірлестіреді, онда кездесетін автотроф организмдер (продуценттер) органикалық заттарды синтез жасайды, гетеротрофтар (консументтер) органикалық заттарды ұсақтайды, бейорганикалық формаға өткізеді.
Экосистема атауы пәнге бірінші рет Англия экологі А.Тенсли ендірген, бірақ экосистема түсінігі оның мағынасы алдынырақ болған мысалы : тірі организмдер және ортаның бірлігі адам және табиғат олардың бір – бірінен ажыралмастығы туралы түсінік тарихтың ең кәдімгі жазуларда көрсетілген. Неміс ғалымы К.Мебиус 1877 жылы организмдер бірлігін “биоценоз”, америкалық ғалым С.Форбс 1877 жылғы еңбегінде “микосме” деп атаған Россияда В.В.Докучаев, Г.Ф. Морозов биоценоз түсінігін дамытып барған В.Н.Сукачев “биогеоценоз” атауын пәнге ендірген.