Биологилық жүйе ретінде аутэкология жекелеген тірі ағзаны-жануар , өсімдік немесе микроорганизм оның қоршаған ортамен өзара қарым-қатынасын зерттейді. Экологияда биологиялық жүйелердің төмендегідей негізгі ұйымдасу деңгейлерін бөліп көрсетуге болады: молекулалық (гендік), жасушалық, ұлпалық, мүшелік, ағзалық, популяциялық түрлік, биоценоздық, биосфералық.
Уэбстер бойынша жүйе дегеніміз “ біртұтас бүтінді түзетін, реттелген түрде өзара әрекеттесетін және өзара байланысты компоненттер”. Олай болса, жүйенің негізгі элементтеріне компоненттер, байланыстар шекаралар жатады.
Жүйелердің үш түрін бөліп көрсетуге болады:
- Оқшауланған, яғни көршілес жүйелермен зат пен энергия алмасуы болмайды.
- Жабық, яғни көршілес жүйелермен энергия алмасады, бірақ зат алмасуы болмайды ( мысалы, космос кемесі).
- Ашық, яғни көршілес жүйелермен зат және энергия алмасуы болады. Барлық биологиялық жүйелер- ашық жүйелер. Себебі, олар сыртқы ортамен затпен, энергиямен және ақпаратпен алмасып отырады.
Биологиялық жүелердің ұйымдасуының маңызды нәтижесі компоненттердің күрделірек функционалдық жүйелерге бірігуі барысында бұл жаңа жүйелерде сапалық жағынан жаңа алдыңғы деңгейде болмайтын қасиеттер пайда болады. Мұндай сапалық жаңа қасиеттерді- эмердженттік деп атайды ( кенеттен пайда болған). Мысалы, экожүйенің қасиеттерін жеке популяциялар туралы мәліметтерге ғана сүйеніп айтуға болмайды. Орманды тұтас алып зерттеп қана қоймай, осы ормандағы жеке ағаштарды да зерттеу қажет.
Белсенді ірі молекулалар – ақуыз, нуклеин қышқылдары, көмірсулардың қызметі түрінде көрінеді. Осы деңгейден тірі материяға тән қасиеттер: сәулелі энергияның органикалық заттардың химиялық энергиясына айналуы арқылы жүретін зат алмасу, тұқым қуалаушылықтың кодтаушы құрылымдардың ( ДНК,РНК) көмегімен тасымалдануы байқалады. Бұл деңгейге құрылымдардың ұрпақтарда тұрақтылығы тән.
Жасушалық деңгейде биологиялық белсенді молекулалар біртұтас жүйеге қосылады. Жасушалық ұйымдасуына байланысты барлық ағзалар бір жасушалы және көп жасушалы болып бөлінеді.
Ұлпалық деңгейде құрылысы мен атқаратын қызметі ұқсас жасушалардың жиынтығынан ұлпа түзіледі. Ол шығу тегі мен атқаратын қызметінің ортақтығы бойынша біріккен жасушалардың жиынтығын құрайды.
Мүшелік деңгейде ұлпалардың бірнеше типтері функционалдық жағынан өзара байланыса отырып, белгілі бір мүшені құрайды.
Ағзалық деңгейде бірқатар мүшелердің өзара әсері жеке ағзаның біртұтас жүйесінің түзілуіне әкеледі.
Популяциялық-түрлік деңгейде шығу тегі , тіршілік ететін және мекен ету орталарының ортақтығы арқылы байланысқан біртекті ағзалардың жиынтығы түзіледі. Бұл деңгейде жалпы алғандағы элементарлық эволюциялық өзгерістер жүреді .
Биоценоздық деңгейде бірге тіршілік ететін және бір-бірімен байланысқан түрлердің комплексі — биоценоздық деп аталатын біртұтас жүйені түзеді .
Тірі жүйенің бірлігі мен алуан түрлілігі.
Биогеоценоздық ( экожүйелік) — түрлік құрамы бойынша әр түрлі ағзаларды мекен ету ортасымен өзара байланыста біріктіретін(биотопта) тірі материяның ұйымдасуының жоғары деңгейі .
Биосфералық— ғаламшар шекарасындағы барлық тіршілік белгілерін қамтитын анағұрлым жоғары сатыдағы табиғи жүйелердің қалыптасқан деңгейі.
Бұл деңгейде тірі ағзалардың әрекетімен байланысты ғаламдық ауқымдағы барлық зат айналымдары жүзеге асады.