Филэмбриогенез теориясының негізгі жағдайы—эволюциялық өзгерістер онтогенездік дамудың жолы өзгеруімен байланысты деп тану. Ересек организмдердің белгілерінің филогениялық өзгерістері жануардың не өсімдіктің жеке дамуының әр түрлі фазаларында — бастапқы, орта және соңғы фазаларында болады. Осыған байланысты филогениялық өзгерістердің мынадай үш негізгі жолы (модус) болады: 1) анаболия, 2) девиация және 3) архаллаксис.
Анаболия — дамудың соңғы фазасында болатын филогениялық өзгеру жолы. Морфогенездің ортаңғы фазаларында болатын өзгерістердің онтогенездік жолы девиация делінеді. Архаллаксис органның эмбриондық дамуының ең басында болатын өзгерістер, осыған байланысты бүкіл морфогенез барысы кенет өзгереді.
Филэмбриогенездің осы үш жолы туралы ұғым беретін нақтылы мысалдарды қарап өтейік. Анаболия, немесе дамудың соңғы сатысындағы қондырма. Анаболия кезінде белгілі органның жеке дамуы ата-тегіндегідей жүреді. Ал, дамудың аяқ кезінде қондырма ретінде осы оргаға өзгеріс енеді.
Сарган деп аталатын балықтың дамуы жануарлардағы анаболияны түсіндіру үшін мысал бола алады. Сарган езіне жақын балықтардан жақ аппаратының қүрылысы женінен ажыратылды. Оның екі жағы да ілгері карай сорайып шығып, тұмсык, құрап тұрады , және мұның астыңғы жағы үстіңгі жағынан бір шама ұзын. Сарганның онтогенезін зерттегенде жеке дамуының ең басында ұзындығы 10 мм эмбрионының жақтары сорайған ұзын емес, оның астыңғы жағы үстіңгі жағынан болмашы ғана ұзындау болатындығы анықталды. Сарганға туыстас балықтардың бәрінің жақтары, мысалы атеринканікі де осындай, олардың ересектерінде де сол қалпын сақтайды. Ал саргандағы жағдай басқаша, оның ұзындығы 21 мм келетін шабағының төменгі жағы сорайып өсіп, үстіңгі жағынан әлденеше рет үзын болып кетеді. Кейінірек шабақтың ұзындығы тоғыз сантиметрге жеткенде үстіңгі жағы ұзарып өсе бастайды, бірақ мұның өсуі, астыңғы жағының өсуінен баяу болады. Үстіңгі және астыңғы жақтардың осындай қалпы гемирамфустың ересек особьтарында болады. Бұл мысалдан, сарганда атеринкаға қарағанда, жеке даму барысында өкі жаңа фаза — гемирамфус фазасы және ересек сарган фазасы қосылатыны көрінеді. Сөйтіп, сарганның жақ аппараты анаболия жолымен дамиды, яғни.онтогенездің аяғында қондырма пайда болады; мұнда атеринкамсіі салыстырғанда екі қондырма болды
Қазіргі уақытта биологиялық системалар интеграциялануына көптеген өзгерістер еніп жатыр. Себебі көптеген түрлер жойылып, ал басқа бір түрлер қолдан сұрыпталу нәтижесінде пайда болып отыр. Биологиялық жүйелердің тұрақталмауы – ол табиғи процесс. Себебі эволюция барысында оларға көптеген өзгерістер енеді.