Бекмахановтың жұмыстары қарсыластарын ел алдында партия Орталық Комитеті атынан қолдау болып қабылданды. Өйткені «Правданың» сөзі — партияның сөзі. Газет қаншама белгілі ғалымдарға карсы осы үш тарихшыны қолдағаны бізге түсініксіз.
Бұдан кейін қазақ «ұлтшылдарына» қарсы майдан жеңіске жете әперді. Е. Бекмаханов 1951 жылы 15 мамырда «ірі саяси қателіктер үшін» ҚазМУ-ден КСРО тарихы кафедрасының профессорлығы-нан шығарылды, партия қатарынан да шығар-ылды. Бір қызығы Бекмаханов 1948 жылы Қазақ КСР тарихы кафедрасының меңгерушісі болды, ал, 1949 жылы 30 тамызда КСРО тарихы кафедрасының профессоры атағын алды. Жоғарыда айтылған аласапыран жағдайда Қазақ КСР тарихы кафедрасы жабылып, ол тек 1958 жылы 21 мамырдағы КСРО жоғары оқу орындары министрінің бұйрығымен сол жылғы 1- қыркүйекте, яғни Бекмаханов айдаудан қайтқан соң ашылады. Қазақстандағы тұңғыш Қазақ тарихы кафедрасының ашылуы де Бекмахановтың тағдырымен байланысты болғаны. Бекмахановқа бұдан кейін КГБ-дегілер де «көңіл» аударып, әсіресе, Б. Сакенов «ісм козғайды. Бекмаханов біркез Алматы облысы, Нарынкөл ауданындағы мектепте тарих пәнінен сабақ берді, кешікпей Жамбыл облысы Шу ауданындағы Новотройцк селсосындағы мектепте мұғалім болып жүогенде 192 жылы 5 кыркүйекте тұтқындалды. Оған РКФСР қылмыс кодексінің (Қазақ КСР емес) 58-бабының 10-тар-мағы; 2-бөлімінде көрсетілген айыпқа сәйкес «Кеңес өкіметіне қарсы пікірде болып, 1942—1951 жылдар аралы-ғында ұлтшылдық идеяларды уағызда антисоветтік үгіт жүргізгені үшін» айып тағылды. 1952 жылы 4 желтоқсанда Қазақ КСР Жоғарғы . Бекмахановты 25 жылға соттап кулак лагеріне айдады.6
Бекмаханов тағлымы жеке басқа табыну дәуіріндегі ғылымда ойлау-зерттеу бостаңдығы болмағанын тарих ғылымы тұмшаланып, өресіз бюрократтардың, күншіл ғалымсымақ-тардың саяси колшоқпарына айналып, өз пікірін айтқан авторлар үшін қандай зауал тудырғанын айқын дәлелдейді. 40—50-жылдардағы тарих майданы, әдебиет майданы да тура саяси майданға айналып, талай дарынды ғалымдардың тағдырын трагедияга ұшыратты, еліміздің объективті тарихын жазуға тұсау болды, қажетсіз сыңаржақ «еңбектерге» жол ашты, халқымыздың ұлттық санасын тұмандандырды. Соның сазайын қазір де тартып отырмыз.
Бекмахановтың ісі шын ғалымдар арасында үлкен адамгершілік те барын көрсетті. Бекмахановтын жазықсыз екенін, 1950 жылға дейін оның көзқарасын Казақстан компар-
тиясы Орталык Комитетінің бірінші хатшысы Ж. Шаяхметовтың өзі қолдап, Кенесарыны халықка рух беретін саяси ұранға айналдырғаны көпшілікке мәлім. Бірақ кейін ол да өз пікірлестерін корғамады, ОК бюросында Бекмахановты партиядан шығару туралы ұсынысты өзі енгізіпті. Оның есесіне Бекмахановтың көзқарасы бәрімізге ортақ көзқарас, сондықтан оны ғана айыптау әділетсіздік деп, адалдықтын ала жібін аттамаған мәскеулік тарихшылар болды. Солардың ұйғаруымен Панкратова Н. С. Хрущевқа кіріп, Бекмахановты босатуды сұраған, оның бала-шағасына да көмектесіп тұрған.
Заман өзгере бастады. 1953 жылы 16 қазанда КСРО Бас Прокуроры Бекмахановты ақтады. Тарихшының өмірі бұдан кейін де тез өзгере қоймады. Ол 1954 жылы 1 кыркүйекте ҚазМУ-ге қайта, бірақ аға окытушы болып қана орналасты. Отбасы жеке үй жалдап тұрып жатты. Ғалым мұндай ыңғайсыздыққа да шамданбай, бар күшін ғылыми ізденуге жұмсады. 1957 жылы Мәскеуде «Ғылым» баспасы онын көлемді жаңа монографиясын («Присоединение Казахстана к России») жарыққа шығарды. Осыдан кейін оның докторлық дәрежесі мен профессорлык атағы кайтарылды.6
1958—1966 жылдар ғалымның өміріндегі тыныш, әрі жемісті жылдар болды. Бұл оған бұйырған соңғы жеті жыл екен. Мұнда кафедра жанынан аспирантура ашу, мектеп окулықтарын шығару, жоғарғы оқу орнына окулық даярлау, арнаулы ғылыми кеңес ашу, тың тақырыптарда ғылыми зерттеулер жүргізу, одақтық ғылыми кеңестер мен конференцияларға қатынасу. Бекмаханов бірнеше ғылыми жинақтарға редактор, «Қазақ КСР тарихының хрестоматиясын», Жоғарғы оқу орындарында оқылатын Қазак КСР тарихы оқулығының проспектісін, «Очерки истории Казахстана XIX века» атты оқу құралын, көптеген мақалалар жазып үлгерді. Бекмахановтың кафедрасы сол аз уақытта 20-дан аса ғылым кандидаттарын шығарды, көптеген талапты жастарға ғылымға жол ашты. 1962 жылы Бекмаханов Қазақ КСР Ғылым ака-демиясына корреспондент мүше болып сайланды. Сол кезде Ерекеңнің Қазақстан тарихын барлық жоғары оқу орындарына енгізу ойында болатын. Ол идея сонғы бір-екі жылда ғана іске асты.
Асыл азамат Ермұхан Бекмаханов 1966 жылы 6 мамырда 51 жасқа қараған шағында ауыр науқастан дүниеден өтті. Оның Бауыржан Момышұлымен қоштасарда айтқан соңғы сөзі: «Үлгере алмай кетіп барам, кешіріңіз!» болса керек. Ал осыған халық атынан кешірім сұрап, жауап бергендей Баукең былай деп жазыпты: «Қадірін білмеппіз ғой тірі кезде, деп боздар сорлы қазақ мен өлгенде». Осы сөзімді Қанышқа, Мұхтарга т. 6. арнап жазып едім. Інім едің — сенімен қоштасып, басыңа қойып тұрмын. Жатқан жерің торқа болсын. Әркашан да есімдесің, бауырым. Жылаушы Б. Момышүлы. 7.УЛ966. Алматы». Біздің жұбанышымыз Ерекеңнің мектебі, асыл идедлары, танымы мол еңбектері жастарға мүра болғаны!