Микробтардың табиғи мекен жайлары ретінде ол жануарлар мен адамдардың денелері болып табылады. Алдын ала микробтар дененгің тері жабындысында мекендейді, сонымен терінің микрофлорасын түзіп шығады.адам ішек қарын жолдарында ешқандай ауруларды қоздырмайтын сүт қышқыл бактериялар мекендейді. Ондай ара қатынастар жиі түрде бұзылуы мүмкін. Мысалы адам мен жануарларға эпибионт (ол басқа ағзаның беткейінде өмір сүріп, егер жарақаттар мен сызаттар арқылы тіндерге енсе, онда іріндерді қоздыруы мүмкін, мынадай спораларды түзбейтін бактериялар) болуы мүмкін, мысалы, псевдомондакар.
Бірқатар немесе көптеген қорғаныс механизмдер я тосқаулдар бүлінсе, онда әлсіреген ағза кәдімгі қоректену ортаға айналады, мұнда потогенді микробтар дами бастайды. Олар адам мен жануарлардың тіндері мен мүшелерін зақымдай бастайды.\
өте ұсақ бактериялар – риккетсаялар. Қан арнасында оба ауруының қоздырғыштары ерсиния пестис. Тырысқақ ауру қоздырғышы вибрион. Көптеген коккалар өкпе қабынуының қоздырғыштары. Ауыр өтетін аурулар олардың қоздырғыштары спораларды түзетін бактериялар, мысалы: сіреспе ауру, гангрена, сібір жарасы жіне т.б.
Ауруларға қарсы ағзалар тосқаулдарды ұйымдастырады, оған кіретіндер: антиденелер, клеткалы қорғаныс.
Ауруларды тасымалдаушы ретінде жиі түрде көптеген жәндіктер (кенелер, биттер, бүргелер) және қосқанаттылар (масалар, қанмен қоректенетіндер, шыбындар, шіркейлер) болып табылады.
Өсімдіктерде ауруларды қоздырушы микробтардыкішкене цикаткалар тасымалдайды. Көптеген микробтар облигатты анаэробтар, яғни оттексіз ортада өмір сүруі мүмкін.
Бактериялардың көпшілігі теңізде тіршілік етеді. Сондықтан олар мұхиттың биомассасыныі 90 % құрайды.
Бактериялар жер шарының экожүйесін қалыптастыруда маңызды қызмет атқарады. Бірқатар бактериялар афтотровтарғңа жатып көміртек алмасу шектеріне кіріп, үлкен үлесін қосатыны рас.
Атмосфералық азотты фиксациялау қабілеттілігі – ол шешуші экологиялық қабілеттілігіне ие болғаны баршаға мәлім.
Гетеретрофты бактериялар, саңырауқұлақтарға сәйкес редуценттерге жатады.
Егер ауыл шаруашылықты егістіктерден 1 г құнарлы топырақты алса, оның құрамында шамамен 2,5 млрд бактериялар, 400000 саңырауқұлақтар, 50000 балдырлар, 300000 қарапайымдылар табылады екен. Бактериялар алуан түрлі органикалық заттарды ыдырату қабілеттілігі болады. Сондықтан оларды қолайсыз синтетикалық заттары, мысалы, местициттерді, бояуларды және мұнайды ыдырататын қабілеттілігінің активтітүрде зерттеулер өткізеді.