Жүйке жүйесі арқылы организм сыртқы ортамен байланысады және ішкі органдардың жұмысы реттеледі. Жүйке жүйені орталық (ми-cepholen мен жұлын –medulla spinalis) және шеткі (ми мен жұлыннан басталатын нервтер) деп бөледі. Орталық жүйке жүйесінің, шеткілерден айырмашылығы, ортасында қуыс болады. Шеткі нерв жүйесі соматикалық және вегетативті болып онан әрі жіктеледі.
Жұлыннан басталатын нервтерден тұратын соматикалық жүйке жүйесі көлденең жолақ еттің орталық жүйке жүйесімен байланысын және дененің сезімталдығын қамтамасыз етеді.
Ми мен жүйеден басталатын және симпатикалық жүйеден –спианльді ганглилармен жалғасатын омыртқаның екі бүйірінде созылған жүйке білігінен тұратын вегативті жүйке жү.йесі ішкі органдарды орталық жүйке жүйесімен байланыстырады.
Ми өте кішкентай, мысалы, шортандарда дене көлемінің 1/300. Басқа омыртқалылардағыдай балықтардың миы бес бөлімнен тұрады: алдыңғы (telencephalon), мишық (diencephalons), ортаңғы (mesencephalon), мишық (cerebellum) және сопақша ми (myelencephalon) (46 сур). Әр бір бөлімнің ішінде қуыс, немесе ми қарыншалары болады.
Құрлықтағы омыртқалылардан айырмашылығы балықтардың алдыңғы миы сырттай екі жартышардан тұратын сияқты, бірақ оларды іштей екіге бөлетін перде толық емес, сондықтан ішкі қуысы біреу (шартты түрде ғана сол жақ бөлігін бірінші, оң жақ бөлігін екінші қарынша деп атауға болады) Бұл ми бөлімінің түбі мен бүйір қабырғалары нерв заттарынан тұрады, ал төбесі көпшілік балықтарда эпителиальді, тек акулаларда ол нерв тканінен тұрады.
Алдыңғы мидың өсіндісі шеміршекті балықтарда иіссезу үлесін, нағыз сүйекті балықтарда иіссезу пиязшығын құрайды. Бұл ми иіссезу орталығы, оның көлемі негізінен балықтың иіссезу қабілеттілігіне байланысты. Бұған қоса, алдыңғы балықтардың үйірлік (топтық)мінез-құлығын реттейді. Бұл ми бөлімі бұзылғанда балықтардың өзара байланысы және үйірде болу қабілеттілігі жоғалады.
Аралық мидың түбі мен бүйір қабырғалары ми затынан, ал төбесі жұқа дәнекертканінен құралған. Бұның үш бөлімін ажыратады: төбешікүсті (эпиталамус), ортаңғы немесе төбешік (таламус) және төбешік асты (эпиталамус). Бұл мидың ішкі қуысы үшінші қарынша деп аталады.
Эпиталамус аралық мидың төбесін құрайды, оның артқы бөлігінде шағын, нерв клеткаларынан тұратын, қалыңдаған жері бар, оның үстінде мүйісті без – эпифиз орналасқан. Миногаларда бұл жерде жарықты сезу қызметін атқаратын пинеальді және парапинеальді органдар орналасқан. Балықтарда парапинеальді орган редукцияланады, ал пинеальді орган эпифизге айналады.
Таламус — көру төбешіктері, олардың көлемі көздің жітілігіне байланысты. Нашар көретін болса олардың көлемі шағын немесе болмайды.
Гипоталамуста біршама құрылымдар болады: аралық мидың түбін құрайтын воронка, оған жанасқан гипофиз және тамырлы қапшық – бұнда ми қарыншаларын толтыратын ерекше сұйық зат құралады.
Гипофиз – ішкі секреция безі.
Аралық мидан, воронканың алдында хиазма құрайтын, көру нервтері басталады. Бұдан басқа мидың бұл бөлімі, осы бөліммен байланысты мидың басқа барлық бөлімдерінен келетін қозуларды ауыстырып отыратын орталық.
Ортаңғы ми шомбалды негізден және көру үлестерінен тұрады. Бұның төбесі нерв затынан тұрады. Төбесі нерв заты. Ішкі қуысы сильвий құбыры деп аталады. Ортаңғы мидың астын аралық мидың воронкасы жапқан. Бұл ми бөлімінен көз қозғайтын нерв басталады, сондықтан да ол көру орталығы, оған қоса бұлшық ет тонусы мен дене тепе-теңдігін реттейді.
Мишық –жүзу және жемін ұстауда қозғалысты ұйқастырушы –нерв затынан тұрады және ең жақсы жүзгіштерде жақсы дамиды (акулалар, тунецтер). Аз қозғалатын балықтарда ол өте кішкентай (скаттар). Миногалардың мишығы нашар дамыған – жеке бөлімге бөлінбеген. Шеміршекті балықтарда сопақша мидың төбесінің қуыстыөсіндісі болып табылады. Мишық ортаңғы мидың көру үлестерін және сопақша миды үстінен жабады. Скаттардың мишығының үсті жылғамен төрт бөлімге бөлінген.
Сопақша мидың түбі мен қабырғалары нерв затынан, ал төбесі жұқа эпителиальді қабықтан құралған. Оның ішінде қарынша қуысы болады – төртінші қарынша, немесе ромбтектес ойық. Сопақша мидан көпшілік (V-тен Х-ға дейін) бас нервтері басталады – бұлар тынысалу органдарын, тепе-теңдік пен естуді, сезінуді, бүйір сызығының сезгіш жүйелерін, жүректі асқорыту жүйесін жүйкелендіреді (иннервация). Сопақша мидың артқы бөлігі жұлынға ауысады.
Балықтардың әр түрлі топтарында олардың өзіндік сипатына сәйкес ми бөлімдерінің дамуы да әртүрлі . Мысалы, дөңгелекауыздылардың алдыңғы миы иіссезу үлесімен жақсы дамыған, ал ортаңғы миы мен мишығы онша емес. Акулалардың алдыңғы миы, сүйекті балықтардан ерекше оның төбесі нерв затынан құралған, өте жақсы дамыған және мишығы мен сопақша миы да біршама жақсы жетілген. Пелагиалық жақсы жүзетін балықтардың (скумбрия, ұшатын балық, албырттар) көзі жақсы жетілгендіктен, бұларда ең жақсы дамыған ми бөлімдері – ортаңғы ми мен мишық.
Балықтардың миынан 10 жұп бас нервісі басталады, олардың әрқайсысының ретті номері (І,ІІ, т.т.) мен аты бар.
І.Иіссезу нервісі (n.olfactorius) алдыңғы мидан басталады. Шеміршекті және кейбір нағыз сүйекті балықтардың иіссезу пиязшығы иіссезу капсуласына тікелей жанасады,сосын алдыңғы мимен нерв жолы арқылы жалғасады. Көпшілік нағыз сүйекті балықтардың иіссезу пиязшығы алдыңғы миға жанасады, ал одан иіссезу капсуласына нервтер барады (шортан, алабұға).
ІІ.Көру нервісі (n.optiсus) аралық мидың астынан басталады және хиазма құрайды.
ІІІ.Көзқозғайтын нерв (n.oculomotorius) ортаңғы мидың астынан басталады.
- Тежеуші нерв (n. trochlearis) көз еттерінің біреуін жүйкелендіреді. Ортаңғы мидың үстінен мишықпен шекарадан басталады.
Барлық қалған нервтер сопақша миден басталады.
- Үштармақты нерв (n.trigeminus) үш бұтаққа таралады. Бастың жоғарғы бөлігінің терісін, ауыз қуысының жабындысын, жақ еттерін жүйкелендіреді.
- Бұратын рев (n.abducens) көздің бір етін жүйкелендіреді.
- Бет нервісінің (n.facialis) көптеген бұтағы болады. Бастың жекелеген бөліктерін
жүйкелендіреді.
VIIІ.Есту нервісі (n. acustiсus) ішкі құлақты, бүйір сызығын жүйкелендіреді.
ІХ.Тіл-жұтқыншақ нервісі (n.glossopharyngeus) бірінші желбезек доғасын, жұтқыншақтың шырышты қабығын жүйкелендіреді.
Х.Кезбе нервтің (n.vagus) көптеген бұтақтары болады. Желбезектерді, ішкі органдарды жүйкелендіреді.
Таспапішінді жұлын тірек (желі) қаңғқасының үстіндегі жұлын өзегінде болады. Жұлынның ортасындағы қуыс, мидың қарыншаларының жалғасы. Жұлынның ортаңғы бөлігі сұр, ал шет жақтары ақ нерв затынан тұрады. Жұлын нерв талшықтары арқылы мидың әртүрлі бөлімдерімен байланысты, ол қозған нерв импульстерін өткізеді, сонымен бірге шартсыз қозғалу ревлекстерінің орталығы.
Жұлынның құрылысы сегментті. Саны омыртқа санына сәйкес әр бір сегменттің екі жағынан нервтер басталады. Арқа-жұлын нервісі екі түбіртектің (арқалық сезінетін және құрсақтық қозғалатын) қосылуынан пайда болады. Бұдан басқа арқа жұлын нервтері, кеуде және құрсақ қанаттарын жүйкелендіретін, иық және бел-сегізкөз шоғырмақтарын түзеді.
Сезім органдары балықтарда жақсы дамыған. Дәм сезу органдары дәм айыратын бұршікшелерден құралады. Ол тек ауызда ғана болмай, бүкіл сыртқы тері қабатында орналасады. Жеке дәм айыратын бұршікшелер бір-біріне жақын жатқан дәм айыратын клеткалардан және олардың арасындағы тірек клеткалардан тұрады. Иіс органдары –екі тесікті танау жұп қапшықшадан тұрады. Есіту органы балықтарда бір ғана ішкі құлақтан тұрады. Иірімді жарғақтар скелеттің иірімді құысының ішінде жатады. Екуінің ортасында перелимфа бар. Әрбір жартылай шеңбер каналдың бір ұшы кеңейіп барып, тұйықталып бітеді.
Балықтардың көздерінің құрылысы дөңгелек, хрусталигі және жалпақ қасаң қабығы болады. Балықтардың көз алмасының қан тамырлы қабатынан оның құысына орақ тәрізді өсінді келеді.Көз ұясының қабырғаларынан келіп , көздің белокты қабығына алты бөлек ет бекиді. Бұл еттер көз алмасын қозғалтып отырады. Көз қабақтары болмайды.