Табиғатта микроорганизмдердің бір тобы екіншібір тобымен қарым-қатынаста
болады. Бұл қарым-қатынастар түрліше болып келуі мүмкін. Негізінен оларды, төрт топқа бөлуге болады:
1) Симбиоз2) Метабиоз 3) антагонизм және 4) паразитизм.
Осы топтардың әр қайсысының өзіндік ерекшелігі бар.
Симбиоздық қарым-қатынастар топырақ микроорганизмдерінің арасында біршама тұқымдас өсімдіктер мен түйнек бактерияларының бірігіп тіршілік етуі жатады. Түйнек бактерияларын бұршақ тұқымдас өсімдіктер көміртектер және иминералдық заттармен қоректендірсе, бактериялар өсімдіктерді аса мұқтаж ауадан сіңірілген азотты заттармен қамтамасыз етеді. Осындай жағдайды біз өсімдіктер мен микроскоптық саңырауқұлақтар арасынан да жиі кездестіреміз. Мұны микориза деп атайды. Микоризаның сыртқы (энтотрофты) және ішкі (эндотрофты) түрі болады. Сыртқы микоризада олар өсімдік клеткаларынң ішіне енеді де, сол жерде жіпшелер түзеді.
Микоризалық саңырауқұлақтардың жіпшелері өсімдік тамырларынан едәуір қашықтыққа дейін таралады да, сол жерлердегі қоректік минерал заттарды өсімдіктерге жеткізіп береді. Олардың қоректік заттарды өз бойына ерітінді күйінде сіңіруге және ылғалды ұзақ уақыт сақтап тұруға қабілеті мол.
Саңырауқұлақтар тамырлар айналасындағы органикалық азот қосылыстарын ыдыратып, өсімдіктерге азот заттарын өндіріп береді. Мұндайда аммонификация құбылысынан пайда болатын аммиакты өсімдіктер бірден сіңіре алады.
Симбиоздық қарым-қатынастың ең бір көрнектісі қыналар. Қыналар кейбір микроскоптық саңырауқұлақтар мен көк жасыл балдырлардың өзара бірлесіп тіршілік етуінен құралған организм. Саңырауқұлақтар негізінен тіршілік ортасынан минералды заттар мен суды сіңіреді. Мұны пайдаланып көк жасыл балдырлар ауадағы немесе саңырауқұлақтардың тыныс алуынан бөлінген көмір қышқыл газынан органикалық заттар түзеді. Соның нәтижесінде бұл екі организм бірігіп тіршілік етеді де, тіршіліктің өте қолайсыз жағдайларына төзімді келеді. Осындай бірлесіп тіршілік ету жәндіктер мен жануарлар дүниесінде де кездеседі.
Микроорганизмдер қарым-қатынасының бір түрі – метабиоз.
Бұл жағдайда микроорганизмнің бір түрі екінші бір түрінен кейін тіршілік ете алады. Аэробты микробтар ортадағы оттегін сіңіріп анаэробты бактерияларға қолайлы жағдай туғызады. Азотобактер целлюлоза ыдыратушы микроорганизмдердің бөлген заттарымен қоректеніп өніп-өседі. Целлюлоза бактериялары клетчатканы түрлі қанттар мен органикалық қышқылдарға айналдырады, ал азотобактер клетчатканы өздігінен ыдырата алмағандықтан қанттармен және қышқылдармен қоректенеді. Осының нәтижесінде бұл екі организм де топырақта өніп-өсіп, оның құнарлылығын арттыруға көмектеседі. Микроорганизмдер арасындағы антагонистік қарым-қатынас себептері бірқатар жағдайларға байланысты:
а) қоректік заттар үшін күрес;
б) кейбір микроорганизмдер түзетін антибиотиктердің бір тобының екінші
тобына жойқын әсер етуі.
Топырақта микроорганизмдер түрлерінің сақталып дамуы үшін қоректік заттардың зор маңызы бар. Мәселен, өнебойы пар ретінде ұстаған топырақта көптеген сапрофит бактериялар жоғалып кетеді. Бұл топыраққа өсімдіктер қалдықтарының түсуіне байланысты. Сонда сапрофиттер орнын қарашірік қосылыстарын ыдыратушы микробтар басады. Сондықтан болса керек, топырақта көптеген фитопаразит саңырауқұлақтар тіршілігі жойылады.
Микроорганизмдердің кейбір түрлерінің басқалары түзген антибиотиктердің әсерінен қырылып кетуі ықтимал. Антибиотиктер – микроорганизмдер тіршілігі барысында түзіліп, олардың әрекетін басып тастайтын немесе қырып жіберетін химиялық заттар. Микроскоптық саңырауқұлақтар (пенициллин, аспергиллин) актиномицеттер (стрептомицин) және бактериялар (грамицидин) бөлетін антибиотик болады. Антибиотиктер ауыл шаруашылында, медицинада кеңінен қолданылады.