Тыныс алу органдарының — өзіндік ерекшелігі және ауада ұшуға ыңғайлылығы, басқа ішкі органдарға қарағанда анағұрлым күштірек және өте айқын көзге түседі. Кемекей саңылауы кеңірдекпен жалғасады, оның жоғарғы бөлімін көмекей деп атайды. Көмекей бір оймақ тәрізді және екі ожау тәрізді шеміршектен тұрады.Дыбыс шығару қызметін төменгі көмекейдің атқаруы тек қана құстарға тән ерекшелік. Төменгі кемекей кеңірдектің екі өкпеге тарамдалатын жеріне орналасады, оған тірек болатын сүйек тектес сақина бар.
Көмекей қуысына оның сыртқы жағынан келетін сыртқы дыбыс жарғақтары болады. Ал осы жерде кеңірдектің төменгі тарамдалған жерінен ішкі дыбыс жарғақтары да келіп түйіседі. Дыбыс жарғақтары бекіген арнаулы еттердің жиырылуынан яғни тітіркенуінен олардың формалары мен қалыптасуы өзгереді де дыбыс түрліше құбылып шығады.
Құстардың өкпесі тығыз көпіршікті дене тәрізді болып көккірек қуысының арқа жақ қабырғасына бекиді. Бронхылары өкпе ішіне еніп, бірнеше ұсақ тарамдарға бөлінеді. Олардың кейбір салалары өкпені тесіп етіп, ауа қапшықшалармен жалғасады.
Бронхылардың тарамдары жұқа қабы бар ауа қапшықтарын құрайды. Мұндай ауа қапшықтарының көлемі өкпенің көлемінен бірнеше есе үлкен болады. Ауа қапшықтары түрлі ішкі органдарының аралығында орналасады. Ауа қапшықтарының ең басты маңызының бірі құстар ұшқанда олардың тыныс алу механизмін реттейді. Жерде отырғанда құстарда кеуде қуыстарының үлкейіп және кішірейуі арқылы тыныс алады.
Сезім органдары. Құстардың есту органдары ішкі және ортаңғы құлақтан тұрады. Бірақ, құстардың құлақ қуысы рептилилердікінен гөрі күрделі. Евстахиев түтігі жұтқыншақ қуысына жалпы бір тесікпен келіп жалғасады. Есіту сүйегі біреу болады, дабыл жарғағы тері жамылғысының астында, сыртқы құлаққа ұқсас ояздау жерге орналасқан. Кейбір түн құстарында бұл ояз жердің қуысы үлкен, оның айналасында дыбысты күшейтуге бейімделген жұқа тері қабаты болады. Құстар жақсы естиді. Құстардың құлағы, көзімен бірге негізге сезім органдары болып саналады.
Құстардың көру органы да жақсы дамыған: әсіресе түн құстарының және қыран құстардың көз алмалары үлкен. Көзі кірпік еттерінің әсерімен көз хрусталигінің формасын өзгерту арқылы және көз алмасымен оны қоршап тұрған белокты қабығының формасын өзгертетін сақиналы бұлшық еттердің ерекетінен көретін болады. Құстарда төменгі және жоғарғы қабақтардың болуымен бірге бүкіл көзін жауып тұратын үшінші қабағы да болады. Құстардың кейбір түрлерінде иіс органы жақсы дамыған (Жаңа Зиландияның Киви дейтін құсында).
Нерв системасы. Рептилилермен салыстырғанда құстардың орталық нерв системасы біршама күрделі. Миы үлкен, әсіресе алдыңғы ми сыңарлары басқа ми бөлімдеріне айрықша үлкен. Алдыңғы миының көпшілік бөлімі жолақ денеден құралған. Бас миының көру бөлімі және мишығы соншалықты үлкен, керісінше иіс бөлімі өте кішкене болады. Аралық миы мен эпифизі нашар дамыған. Мишықтың үлкендігінен ортаңғы мидың көру бөлімі бір бүйіріне таман ауысып орналасқан. Мишық үстіңгі жағынан алдыңғы ми сыңарларымен түйіседі де, арт жағынан сопақша миды бүркөп жауып жатады. Құстардың бас нервтері он екі пар болады. Жұлыны иық және бел маңайында жалпақ болады.
Зәр шығару органдары. Құстардың ұрықтарында мезонепрос — дене бүйрегі болса, ересектерінде метанепрос — мықын бүйрек деп аталатын бүйрегі болады. Денесімен салыстырғанда, құстардың бүйрегінің көлемі, рептилилер мен сүт қоректілердің бүйрегінвн де үлкен болады. құстар бүйрегінің үлкен болуы, олардың денесінде зат алмасу процесінің актив жүруіне байланысты. Несебі зәр шығару системасы арқылы тез ағып етеді.
Жыныс органдары. Құстардың жыныс жүйесінде өздеріне тән ерекшеліктер болады. Олар іштей ұрықтанады. Ұрықтану құстардың мекиендерінің жұмыртқа жолының ішінде жүреді. Аталықтарында жұп аталық безі, жұп тұқым жолы болады. Ал мекиендерінің жыныс мүшелері, яғни аналық безі де, жұмыртқа жолы да, сыңар жолы да тек сол жағында ғана болады. Оң жағындағы жыныс мүшелері жойылған.