Қасым ханның қазасынан кейін Қазақ хандығы бірнеше иеліктерге ыдырады. Сырдарияның орта ағысындағы аумаққа Қасымның немересі Тоғым хан иелік етті. Шамамен 1537 жылы Жағат уалаятының маңында біріккен моғол-өзбек қолдарымен болған ұрыста Тоғым хан тоғыз ұлымен қаза болды. Ал оның орнына Қасым ханның ұлы Хақназар (1538-1580) сайланды.
Хақназар билікке келісімен қазақ руларын біріктіруге күш салды. XVI ғасырдың 50-ші жылдары маңғыт мырзаларының арасында өзара талас-тартыс басталды да бір бөлігі орыс бодандығына көшеді, келесі бір бөлігі қазақтарға бағыт алды. Едәуір күшейген Хақназар 1568 жылы маңғыт жұртына қарсы жорық жасап, өзіне Батыс Арал маңын қаратты.
1577 жылы көктемде Хақназар маңғыттармен жаңа соғысты бастап, Жайықтың шығысындағы барлық жерлерді иеленді. Сонымен қатар Сібір ханы Көшіммен қажырлы күрес жүргізді. Бірқатар жорықтардан соң Хақназарға Тобыл мен Жайықтың жоғарғы жерлерін қосудың сәті түсті. Бұдан басқа оның қоластына бұрын Сібір мен Қазан хандығына қараған башқұрт руының үлкен бөлігі өтті.
Моғол хандарымен күрес жалғасып, 1560 жылы Абд ар-рашид хан Жетісуда Хақназар ханға соққы берді. Бірақта көп ұзамай біріккен қазақ-қырғыз қолы моғолдарды жеңіліске ұшыратып, шайқаста Абдар-Рашидтің ұлы қаза табады. Келесі Емілде өткен шайқаста қазақтар жеңіліп, Жетісудан шегінді. Қазақтардың жағдайы ойраттардың шапқыншылығынан одан әрі қиындай түсті. Тәуекел сұлтан бастаған қазақ жасағы ойраттармен болған ұрыста жеңіліп, Ташкентке шегінуге мәжбүр болды. 70-ші жылдардың соңына таман Хақназар ханның билігінде тек Жетісудің батыс бөлігі ғана қалды.
Қазақ хандығының оңтүстік шекараларында да тыныштық болмады. Батыста, солтүстікте және Жетісуда қатар шайқас жүргізуге мәжбүр болған Хақназар 70-ші жылдары Бұхара ханы Абдаллах ІІ-шімен одақ құрды. Абдаллах хан болса өзінің жауларымен, әсіресе Ташкенттегі билікті басып алған Баба сұлтанмен күресте қазақ хандарының қолдауына сүйенуге тырысты. 1579 жылы Хақназарға Қазақ хандығына Түркістан мен Сауран өңірін қосудың сәті түсті. Бір жағынан қазақ, екінші жағынан Абдаллахтың әскерінен қысымға ұшыраған Ташкент билеушісі Баба сұлтан қазақ билеушілерінің көзін жоюға ұмтылды. 1579 жылдың соңында ол келіссөз жүргізуге келген Хақназар ханның екі ұлын өлтіруге бұйрық берді, ал кейіннен, 1580 жылы Хақназардың өзі жалдамалының қолынан қаза тапты.
Хақназар хан Қасым ханның өлімінен кейін ыдыраған Қазақ хандығын біріктіре алды, оның билігінің соңына таман хандық шекарасы батыста Жайық бойымен, солтүстікте Есіл, Нұрамен, шығыста Шыңғыстаумен, Балқашпен және Шу өзенімен өтті, оңтүстікте қазақ иелігі Ташкентке таянды. Хақназар хан тұсында ноғай, башқұрттардың біраз бөлігі қазақ хандығына қарады.