1867—1868 жылдардағы әкімшілік-территориялық реформалар, біртіндеп қарқын ала бастаған қоғамдық қозғалыс империяның ұлттық аудандарында да ағарту ісінің дамуына әсерін тигізді.
XIX ғасырдың 60—70-жылдарынан ұйымдастырыла бастаған ғылыми қоғамдар, көпшілікке арналған кітапханалар, ағарту ісінің жолға қойылуы қоғамдық өмірдің жандануына алғышарт тудырды.
Облыстық орталықтарда ашыла бастаған халыққа хат таныту қоғамдары да көп ұлтты қазақ өлкесін де тұңғыш мектептердің қызметіне жаңа бағыт берді. 1868 жылы құрылған Түркістан статистикалық коми-теті, 1878 жылы ұйымдастырылған Семей облыстық және кейінгі жылдары бірінен кейін бірі жұмысын жолға қойған басқа да облыстық статистикалық комитеттердің қазақ және өлкені қоныстанған басқа да ұлттар арасында ғылым мен білімнің, сауаттылықтын, негіздерін таратуда белгілі рөл атқарды.
Қазақстанды зерттеуге, бірқатар еңбектер жариялауда пәрменді рөл атқарған Орыс географиялық қоғамының Түркістан, Батыс Сібір бөлімдері, кейіннен ашылған Семей бөлімшесі қазақ жерінде ғылыми экспедициялар ұйымдастыруда, өлкенің табиғат байлықтарын меңгеруде, жергілікті тұрғындардын, өкілдерін осы ұйымдарға тартуда ерекше үлес қосты. Ұлы Абай Құнанбайұлы Семей облыстық статистикалық комитетінің белді мүшелерінің бірі болғаны жұртшылыққа белгілі. Қазақ даласында тұңғыш кітапханалардың ішінде ерекше көзге түскен 1883 жылы ашылған Семейдегі қоғамдық кітапхана. Алғашында кітап қоры 260 томнан ғана тұрған бұл кітапхана жылдан-жылға өсе бастады, қоғамдық өмірдің бір орталығына айналды.
Осы қалаға жер аударылған А. Блек, Е. П. Михаэлис, П. Лобановский, С. С. Гросс және де жергілікті халықтың өкілдері, соның ішінде Абай Құнанбайұлы кітапханаға құнды басылымдарды жинауға ат салысты. Кейіннен Ресейдің әр түкпірлерінен осы кітапханаға көптеген журналдар, әр ғылым салаларынан кітаптар келіп түсе бастады.
Қоғамдық ақысыз пайдаланатын кітапханалар Торғайда, Орынборда ашылды. XIX ғасырдың 90-жылдарында Қостанайда ұйымдастырылған кітаптарды ақысыз пайдалануға рұқсат етілген мектептің мақсаты ішкі істер министрлігі нұсқауында анықталғандай, қала тұрғындарының әр түрлі ғылым салаларынан білімін көтеру еді. 1876 жылы Ташкентте ұйымдастырылған халықтың сауатын көтеруді басты мақсат еткен арнайы комиссия да жергілікті тұрғындар арасында Қазақстанның оңтүстік аудандарында бірқатар ізгі істерді іске асырды. XIX ғасырдың екінші жартысында өлкеде әр түрлі мектептердің ашылуына әсер еткен басты фактор тек ағартушылық ғылыми мекемелер мен кітапханалар болып қойған жоқ. Патша үкіметінің отаршылдық басқару жүйесіне тілмаштар-ды даярлау қажеттілігі шаруашылық және чиновниктік әкімшілік мұқтаждығына қызметкерлердің жетіспеуі аралас орыс-қазақ мектептерін жылдан-жылға көбейтуді қажет етті. 1861 жылы Троицк қаласында, Торғай мақайындағы Орынбор бекінісінде, Қазалыдағы № 1 фортта ашылған орыс-қазақ мектептері қазақ жастарын қамтуға тырысқан осындай типтегі оқу орындары болды. Алайда жеке бекіністерде ұйымдастырылған қазақ мектептерінің материалдық қамтамасыз етілуі, ондағы оқушыларға білім беру дәрежесі өмір талабына сай келмеді. Қазалы және Перовскідегі мектептер кейіннен қалалық училищелер болып қайта құрылды. Онда Қазанда, Петербургте білім алған ұстаздар сабақ берді.
Қазақстанда халыққа білім берудің басты бағыттары «Орал, Семей, Торғай Ақмола және Сырдария, Жетісу облыстарын басқару туралы «уақытша ережелерде» анықталды. Ағарту ісінің дамуына қазақтарға өз еріктерімен қаржы жинауға құқы берілді.
Ал мұсылман дін өкілдеріне қазақ ауылдарында мешіттердің жанында мектептер ашу үшін уездік басқармадан ерекше рұқсат алуы қажет болды. Ал осы молдалардың өтінішімен ашылған мектептердің негізгі шығынын өтейтін де қазақ шаруалары болды. Қазақ шаруаларының балаларының шамалы ғана ақы төлеп, казак станицаларында, орыс қыстақтарындағы мектептерге балаларын оқуға беруге рұқсат етілді. Алайда қазақ жастарын орыс мектептерінде оқытуда патша үкіметінің мақсаты тек балалардың сауатын ашу емес, сонымен қатар отаршылдық пиғылын іске асыру болды.[5]
Мектеп, медреселерде қазақ жастарының білім алуына мейлінше қарсылық жасауы патша үкіметінің Орта Азиямен Қазақстанда ислам дінінің тарауына қарсылығының бір көрінісі еді. Орынбор губернаторы Крыжановскийдің 1867 жылғы «Ресейдің шығыс бөлігінде мұсылмандықпен күресу жөніндегі шаралары» да исламдық мектептерге шек қоюға бағытталған арнайы әкімшілік тықсыру еді. 1879 жылы желтоқсанның 11-күні сол Крыжановский халық ағарту министріне жолдаған хатында Орал, Торғай облыстарында сауаттылық дәрежесін көтеру мәселесін айта келе, қазақ мектептері үшін арнайы оқытушылар даярлайтын оқу орындарын ашуды қажет деп тапты, оны бітіргендерді ауылдық старшын, болыстық іс жүргізуші, тіпті молда қызметтеріне тағайындау ұсынылған еді. Тұңғыш қазақ мұғалімдік мектебі 1883 жылы Орынбор губерниясының Орск қаласында ашылды. Осы кезде Торғай облысының мектептерінің инспекторы қызметіне ағартушы Ыбырай Алтынсарыұлы тағайындалды. Бұл маңызды істі шешуді тездетті.
XIX ғасырдың аяғында Қазақстанда ағарту ісінің төмендегідей жүйесі қалыптасты: бастауыш оқу орындары, приход мектептер кластары, толықтырылмаған гимназиялар, орыс-қазақ аралас мектептер, ауылдық және сауаттылықтың негізіне үйрететін мектептер. Орта оқу орындары, реалдық училищелер, қыздар мен ер балалар гимназиялары. Сонымен қатар мұғалімдер семинариялары да орта буындағы оқу орындарына теңестірілді. Арнайы маман даярлайтын оқу орындары: қазақтың мұғалім даярлайтын мектептері, ауылшаруашылық, мал дәрігерлік, Торғайдағы қолөнершілік мектептері, Оралдағы қолөнер кәсіпшілігіне шәкірттер даярлайтын арнайы мектеп, Омбыдағы механикалық-техникалық училище, Атыраудағы теңізге жүзу ісін меңгеретін мектеп т. б. әр түрлі материалдық жабдығы бар оқу орындары болды. Оқу ісінің ұйымдастырылу сапасына қарай 1872 жылы Омбыда, 1879 жылы Ташкентте ашылған мұғалімдер институты да Ресейдегі орта оқу орындарына жатқызылды.
XIX ғасырдың соңына қарай өлкеде екі сегіз класты ер балалар гимназиясы, екі жеті класты қыздар гимназиясы, Верный қаласында сегіз класты Әскери гимназия, Оралда реальдық училищенің 6,7 және 8 класты ер балалар гимназиясы, Семейде төрт класты ерлер, 5 класты қыздар гимназиясы ашылды. Сонымен қатар Қазақстанда шіркеу приход мектептері, жексенбілік сауат ашатын мектептер де болды. Бұған сондай-ақ білім беруде қалыптасқан оқу орындарынын, қатарына мұсылман мектебі мен медреселерді де жатқызған жөн.
Патша үкіметінің кедергі жасауына қарамастан, мұсылмандық мектептер мен медреселер жастардын, сауатын ашуға, инабаттылыққа баулуда белгілі рөл атқарғаны белгілі. Пантюркизм мен панисламизмнің орын тебуіне қарсы күрес дегенді желеу еткен облыстың генерал-губернаторлары осы мұсылман дінімен байланысты оқу орындарының оқытушыларын әрдайым қуғындап, әкімшілік шаралармен қыспаққа алып отырды. 1870 жылы наурыз айының 26-сында қабылданған үкіметтің «бұратана» халықтар арасында сауаттылықты ашу туралы арнайы ережесінде мешіттердің жанында ашылған мектептерде орыс тілін оқыту міндетті деп танылды.
Шын мәнінде мұсылмандық, әрине, діни мазмұндағы оқу орындарында таза діни сарындағы пәндермен қатар оқушылардың жалпы танымын кеңейтетін, ойлау қабілетін тереңдететін арнайы азаматтық пәндер де оқытылатын. Әрине, оқу бағдарламаларының бір жүйеге келмеуі, мұғалімдерінің құрамының біршама әлсіздігі, ауыл мектептерінің қалалық орталықтардан алшақ жатуы діни мектептерде білім беру ісіне нұқсан келтірді. 8 бен 20 жастын, арасын қамтыған балалар тәлім-тәрбие, білім алатын мектеп уезд орталықтарынын, маңайында орналасқан барлық дерлік ауылдарда ұйымдастырылатын. Көшпенді өмір жағдайында үзбей оқып, сауаттылық көтерудің өзі қиын еді. Кейбір мектептерде тұрақты оқи алмай, тиіп-қашып сауатын ашып жүргендердің ішінде тіпті жасы 40-тан асып кеткен ересек адамдар да кездесетін.[6]
Жалпы алғанда, ірі медреселерде төмендегідей пәндерді оқыту ісі жолға қойылған: фараиз — дүние-мүлікті мұраға қалдыру және бөлу туралы заң усул-фиких — мұсылман заңдарын зерттеу, хикмет — тарих, философия және жаратылыс ғылымдарының энциклопедиясы, наху — араб тілінің грамматикасы, акаид,— догматика, монтық логика. Сонымен қатар, арифметиканық төрт амалы, орыс тілі, сөйтіп медреседе (жоғарғы мұсылмандық оқу орны) жастардың тәрбиесі мен білім дәрежесін, ой дамуының қалыптасуына әсер ететін барлық дерлік негізгі пәндерден сабақ берілетін. XIX ғасырдың екінші жартысында қалыптасқан мектептерде білім беру жүйесі (кейбір өзіндік ерекшеліктеріне қарамай) жалпы ре-сейлік ағарту ісіне мейлінше жақын еді, және әр түрлі нұсқаулар арқылы үкімет империяның орталық аудандарындағы білім беруді ұлттық аймақтарға таратуға әрдайым мүдделі болды. Торғай және Орал облыс-тарындағы қазақ және басқа тілдерде білім беретін оқу орындары Орынбор оқу округіне бағындырылды. Ақмола және Семей облыстарындағы оқу орындары Батыс Сібір оқу округіне қарады. Әр түрлі сипаттағы оқу орындарындағы өзгерістерді ретке келтіріп отыру кеңсесі Томскі қаласындағы чиновниктерге бағындырылды. Сырдария және Жетісу облыстарындағы оқу орындарының қызметін қадағалау Түркістан генерал-губернаторлығына тапсырылды. Шыңжаңнан Жетісуға ойысқан ұйғырлар мен дүнгендер санынық біртіндеп өсуі, Оңтүстік Қазақстан өқірінде басқа аудандармен салыстырғанда қазақтардың басымдылығы орыс-«түземдік» мектептердің көбірек ашылуына әсер етті. Осыған байланысты өзіндік ерекшеліктері бар әр түрлі буындағы мектептерде оқу ісін жолға қоюдын, барысында қазақ жастарының араб таңбаларымен сауаттылығын ашуды дамытудың қажет екенін көрсетті.
Шығыс Қазақстанда түсті металлургия өндірісінің, Батыс Қазақстанда мұнай өндірісінің жолға қойыла бастауы, өлкенің Орталық аудандарында көмір өндірісінің дамуы осы бай өлкені игеретін білімді инженер-техникалық мамандарды даярлауды күн тәртібіне қойды. Алайда орасан байтақ Қазақстанда шаруашылық салаларында пайдаланатын мамандар даярлайтын бірде-бір арнайы техникалық орындары болмады. Қаржының тапшылығы Қазақстанда ағарту ісін артқа тартқан бір кедергі болды. Мектептерде оқу ісін ұйымдастыруға қажетті қаражаттың бір бөлігі жергілікті халықтан жиналатын. Мемлекет тарапынан өлкедегі оқу орындарына жұмсалатын қаражат мөлшері тым жеткіліксіз еді. XIX ғасырдық аяғында Қазақстанда ағарту ісінде жан басына шағылатын шығын Ресейдің орталық аудандарымен салыстырғанда әлдеқайда төмен еді: Торғай облысында 19,5, Орал облысында — 16,2, Ақмола облысында — 11,3, Сырдарияда — 9,7, Семей облысында — 7, Жетісу облысында 5,5 тиыннан аспады.
Қазақстанда халық-ағарту ісінің дамуын артқа тартқан құбылыстардың бірі — оқу орындарының барлық буындарында дерлік білімді ұстаздардың жетіспеуі. Томскінің, Қазанның, Мәскеудің т. б. ірі мәдени орталықтардың оқу орындарын бітірген мамандар Қазақстандағы ауыр материалдық және тұрмыстық жағдайға төзбей, қайтып оралатын. Жалақынық аздығы, оқу ісін ұйымдастырудағы олқылықтар: оқу құралдарының, кітаптардың жетіспеуі де халық ағарту ісінің қарқындап дамуына кедергі болды.