Шығыс Қазақстан аумағының ірілігі мен геологиялық құрылысының ерекшеліктеріне сай байланысты пайдалы қазбалары да алуан түрлі қара және түсті металдардың, химиялық шикізаттар мен құрылыс материалдарының мол қоры бар. Аймақтың геотектоникалық құрылысы мен геологиялық даму тарихының ерекшеліктеріен сай олар әркелкі таралған.
Металогенездің көріністерінің қарқындылығы мен сипатына қарай облс аумағы бірнеше кенді аймақтарға бөлінеді.
- Шөгінді жанғыш және химиялық пайдалы қазбалар шоғырланған Зайсан-Алакөл ойысы;
- Орал-Монғол қатпарлы белдеуінің каледон герцин қатпарлықтарына жататын Алтай таулы аймағы;
- Герцин кезеңінде түзілген Шыңғыс тау, Сауыр-Тарбағатай, таужүйелері;
Шыңғыстау, Сауыр-Тарбағатай кенді аймақтарындағы пайдалы қазбалардын пайда болу жолдары. Балқаш көлінің солтүстігіндегі Шу-Балқаш метологенді аймағындағы Қараоба кенді белдеуіндегі Солнечный мен Гулшатта сирек кездесетін вольфрам, молибден, висмут металдарының кен орындары бар.
Силурдың соңында қалыптаса бастаған Шыңғыстау-Тарбағатай қатпарлы белдеуі салыстырмалы түрде алғанда металогенияға кедей. Кембридің жанартаулық шөгінді жыныстарының қабаттарында ірі калчоданды полиметалды кендер шоғырланған, олардың қатарына Майқайың, Александров, Көктас кен орындары жатады.
Атасу- Жоңғар таулы алқабының әктас-тары мен мергельдері мен тығыз байланысты. Балқаш маңының солтүстігі мен солтүстік-батысындағы Кишікбай мыс колчедан, мыс-профир, полиметалл, темір және сирек кездесетін металдардың Гулшат және Қызылеспе алтын және висмут кен орындары каледон кен түзілу кезеңі мен байланысты пайда болған.
Жоңғар Балқаш жүйесінің солтүстік, солтүстік-батыс, оңтүстік-шығыс бөлігіндегі пайдалы қазбалар герцин қатпарлығы мен тығыз байланысты тү-зілген. Қарқаралының шығысындағы Қарағанды Шығыс Қазақстан облыстарының шекарасында гидротермальді- шөгінді жолмен түзілген Кентөбе, Сарбұлақ, темір сонымен қатар қайрақты полиметал(қорғасын -мырыш) және жанартаулық негізде түзілген Айғыр қорғасын кен орны бар.
Жоңғар-Балқаш жүйесінің солтүстік, солтустік-батыс, оңтүстік-шығыс бөлігіндегі пайдалы қазбалар герцин қатпарлығы мен тығыз байланысты түзілген. Қарқаралының шығысында гидротермальді шөгінді жолмен түзілген Кентөбе, Сарбұлақ темір сонымен қатар қайрақты полиметалл (қорғасын-мырыш) кен орындары осы жерде жанартаулық негізде түзілген Айғыр қорғасын кен орыны бар.Герцин кезеңінде түзілген өнеркәсіптің маңызы бар кен орындарының қатарына Ақтоғай мыс профилі кеніштері жатады. Қаратас кенді белдеуінде (Қазылеспе, Науалы кен орнында) қорғасын-мырыш,темір профирлі молибден-мыс кендері мен минералданған таза мыс және алтын өндіріледі.
Зайсан герциндік қатпарлы жүйесі. Бұл жүйенің солтүстік шығысында полиметалға бай Алтай кенді белдеуі орналасқан. Шөгінді әктас кен орындары (Сажаиев Қазақстан Предгорник) құрылысқа қажетті цемент шикізаты, әктас, мәрмәр ұнтағын алуға, түсті металлургияға қажетті флюс өндіруге қолданылады. Белаус, Талов, Чеснаков, (Зырян ауданы) және Холзун кен орындарында гидротермальді-шөгінді жолмен түзілген темір-марганец өндіріледі. Марқа көлдегі магнетит кеніндегі темірдің үлес салмағы 50-70 % дейін жетеді.
Кенді Алтайда қорғасын мен мырыштың, мыстың мыңға тарта кен орны белгілі. Солардың ішіндегі ең ірілері Никитин, Риддер, Сакалов, Тишин, Жаңа Лениногор, Колчеданды полиметалл кен орындары. Кен құрамында алтын, күміс басқада сирек кездесетін шашыранды металлдар мен кенсіз пайдалы қазбалар бар. Кенді Алтайдың батыс қанатында Зырян, Гриков, Малеев полиметалл кен орындары орналасқан. Белдеудің солтүстік батысында Орлов-Николаев, Березов-Белоусов полиметалл және мыс кен орындары бар. Қиыр оңтүстік батысында Вавилов және Қарашеген мыс және мысты теритті кен орны орналасқан. Кен құрамында аннерит, алтын, тальн, фуист кездеседі.
Қалба Нарын белдеуіндегі граниттерде керамиканың, хрустальдың және сирек металлдардың маңызды шикізаттары болып табылатын негматитті кен орындары шоғырланған. Олардың қатарына камсомол, Теректі, Шерді аяқ қалайы-вольфрам кен орындарын жатқызуға болады. Семей қаласына жақын орналасқан батыс Қалба аймағындағы әк тас кен орны цемент шикі-заты, әрлейтін тас, қиыршықтас, ретінде қолданады. Сауыр жотасындағы молырақ кендірлік кен орнында алтынның кен түзілістері бар. Табиғи газ жартылай кокстеуге жарамды қоңыр көмірдің және жанғыш тақта тас кен орындарының өнеркәсіпте маңызы зор.
Зайсан-Алакөл ойыстарының пайдалы қазбаларының түзілу жолдары. Зайсан-Алакөл ойыстары эпигерциндік Тұран плитасының шығыс бөлігін қамтиды. Оның бетін мезазой кайнозой эраларының органикалық, хемогенді және кесек шөгінді жыныстары жауып жатқандықтан тас көмір, жанғыш тақта тас,қоңыр көмір, мұнай мен құрылыс материалдарының мол қоры бар. мен Ақмола коалинмен орындары түзілген (Алексеев, Ақмола ).Юра дәуірінде түзілген, Ертіс өзенінің батысындағы Абай, Алакөл ойысындағы Жалаңашкөл, Зайсан ойысындағы Кендірлік қоңыр көмір мен жанғыш тақтатас кен орындарының өнеркәсіптік маңызы зор. Жаңа Семей кен орынындағы неоген саздары цемент өндірісінде кеңінен қолданылуда.Семей мен Өскеменнің ірі өнер кәсіп орталықтары көбінесе Ертіс, Бұқтырма өзендерінің жайылмалары мен жайылма үсті текшелерінде шөккен төрттік дәуірдің проювиальды, сирек жағдайда эовалдық және көлдік қиыршықтасты-малта тасты шөгінділерін құрылысқа қолданады.
Шығыс Қазақстанның өзен торларымен нашар қамтылған батыс бөлігінде жерасты суының маңызы зор. Ертсі Шара Аягөз,Еміл басқада өзендердің аңғарындағы алловиальды шөгінділерге көктемде еріген қар суының жер астына сіңуінен (фильтрациалануынан) еспе, қабат аралық жарықшақты жарасты сулардың түзулеріне қолайлы жағдай тудырады. Балқаш – Ертіс суайрығы мен Шыңғыстау Архат сияқты аласа таулы алқаптар жерасты суларының түзуеріне жауын-шашын мен қатар құрлымдық факторларда әсер етеді. Әсіресе қалың шөгінді жаныстар жауып жатқан палезой гранитойтарының бетіндегі қалың шөгінді жыныстарда тұщы сумен қатар ащы суларда кездестіреді. ың Шығыс Қазақстан облсының батыс бөлігінде жерасты суы азаяды. Ірі өзен алаптарының аңғарылғандығы төрттікік дәірдіің алювиальды шөгінділері сумен жақсы қамтамассыз етілген.
Сауыр-Тарбағатай, Алтай тауларының Зайсан-Алакөл ойыстары мен шектесетін тектоникалық жарықтары емдік қасиеттері бар ыстық минералды жерасты суларына бай. Онда Барлық-Арасан, Рақман бұлағы сяқты республикалық маңызы бар шипажайлар салынған.. Олар минералдануы 3 г/л құрайтын хлорнадті-сульфаты, магнилі-натрилі радонды жарасты су көздерінің қатарына жатады.
Альпілік эпиплатформалық орогенді белдеудің қалыптасуы олигоценде басылып неоген, төрттік дәуірлерінде жүреді. Сондықтан оның шегіндегі мезозймен кайнозойдың пайдалы қазбалары платформалардікіне ұқсас болып келеді. Пайдалы қазбалардың түзілуі үгілу қабаты мен тығыз байланысты. Оның қатарына Алтайдағы полиметал кендерінің үгілу аймағындағы минералды бояулардың кен орындары жатады.
Ерте мезозойда Сауырдағы кендірек, Алакөлдің солтістік шығысындағы Қутау, (Жалаңашкөл) қоңыр көмірмен тас көмір алапатары түзіді. Зайсан қазаншұңқырында кездесетін бор, палеоген дәірлерінің кварцитті құмдарынның мол қоры бар Оларды байытып, әйнек өндірісі мен пішінінде жасауға пайдаланылады Мұнай құмдар Шымкентмаңында да бар. Обсорбекті қасиеті бар бектониті – монтиморилонитті саздардың Алтайдағы кенорндары кероизит, цемент, кірпіш өндірісінде формоцептикада кеңінен қолданылады. Неоген дәірмен Іле ойысындағы Шпс кен орындары (Жаркент) кен орындары тығыз байланысты. Жаркент кен орындарындағы Шпиістің мөлшері 91 % — ді құрайд. Оның қоры 1 млн тонна оңтүстік Қазхақстанда гипстің кен орны бар. Неген төрттік дәіріндегі жер қыртысында жүрген неотиктоникалық қозғалыстардан соң жүрген төрттік мұз басулары Алтай, Сауыр-Тарбағатай таулы алқаптарының Зайсан-Алакөл ойыстарымен шектесетін тау алды жазықтарындағы асырылу конусына малта тастың, қиыршық тастың құмның қалын қабатын, түзеді. Олардың кенорындарында өндірілген өнімдер ірі қалаларында құрлыс материялы ретінде қолданады. Алтайдағы құм мен қиыршық тас кен орындары Ертіс өзенінің аңғарындағы амовиалды шөгінділерде шоғырланған. Кірпіш өндіруге Сауыр – Тарбағатай, Алтай тауларының етегіндегі лес тәрізді саздары кеңінен қолданылады.