Ш.Ш. Уәлиханов өзінің атақты «Жоңғар очерктері» арқылы әлемге танылды. Бұл ғылыми, әдеби, тарихи, публицистік құнды еңбек өткен ғасырдың алпысыншы жылдарында Еуропа ғалымдарын, шетел баспасөзін, әсересе неміс зиялыларын өлең еткізді. «Жоңғар очерктері» Шоқанның ардақты есімін дүниеге асқақтата шарлатты.
Онда саяси-әлеуметтік мәні бар оқиғаларды ұлы ғалым жалынды публицистикаға тән сипатта шебер баяндайды. Философиялық терең ой түйіп, батыл пікірлер айтады. Сөйтіп, ғылыми очеркті саяси деңгейге көтереді. Ал өзінің аса көрнекті мұрасы «Сот реформасы туралы ғылыми хатында» саяси көзқарасын бұрынғыдан да тереңдете түскен.
Ш. Уәлиханов Қашқарға барған сапарында көптеген материалдар, ауыз әдебиеті үлгілерінің бірнеше түрлерін, аса сирек кездесетін кітаптар алып қайтты. Этнографиялық очерктер, санақ мәліметтері, тарихи хабарлар, онда халық әдебиетінің үлгілері, білім, ғылым, оқу қырлары жинақталған деректер толы.
Әлемдік әдебиет пен мәдениетен және оқу-ағарту ісінен хабардар болған Шоқан — түркі тектес халықтардың әдеби мұраларын да білгірлікпен зерттеген ұлы ғалым. Әсіресе, қырғыз елінің «Манас» жырына айырықша көңіл бөледі. «Манасты» өркениетті елдерге тұңғыш таныстырутиы Ш. Уәлиханов екенін мақтан етуге тиіспіз.
Зерттеуші өзінің «Қырғыздар туралы жазбалар» еңбегінде халық есіңде, тамаша философ ретінде сақталған Асан қайғының Жырғаланда көшіп-қонып жүрген қазақ екенін, оның аты тек қазаққа ғана емес көрші қырғыз еліне де мәлім болып, «Манас» жырында кездесетін, зираты Ыстық көлдің маңында екенін ескертеді.
Шоқан аса қабілетті қайсыбір жыршылар мен жыраулардың өміріне, ол туралы айтылған естелік аңыздарға, жыршылар мен жыраулардың өздері шығарған Ш.Уәлиханов зерттеулерінде «тарихи жыр» терминін қолданған. А. Байтұрсыновтың «Әдебиет танытқыш» еңбегінде тарихи жырдың жанрлық ерекшелігіне мынандай анықтама берілген: «Тарихи жыр деп, тарихта болған оқиғалар, қазақтан шыққан адамдар турасында басқа жұрттардың тарихыңда жазылған мағлұматтар бар, халықтың өзінің есінен кетпеген, қазақ басынан кешірген оқиғалары толып жатыр, солар туралы өлең етіп шығарған сөздер болса, солар тарихи жыр болады». Шоқан XVIII-XIX ғасырларда, Абылай заманы тұсында ерекше дамыған тарихи жырларға зор мән берген. Ғалымның «XVIII ғасыр батырлары туралы тарихи аңыздар» атты еңбегіңде тарихи жырларда, аңыздарда есімдері зор сүйіспеншілікпен айтылатын тарихи тұлғаларға, олардың қаһармандығына ғылыми дәлдікпен, көркем барлау жасаған.
Шоқан қазақтар импровизаторлық өнерге шебер келетінін атап көрсетеді. Зерттеушінің көшпелі елдердегі суырып салушылық өнердің жоғары дәрежеде дамығандығы жайлы пікірлері назар аударарлықтай мәнді. Өлең сөзді суырып салып айту, кідіру-мүдіру дегенді білмеу себебін өзінше тоишылай келіп, Шоқан: «Мұндай қасиеттің болуына көшпелілердің алаңсыз өмірі әсер етті ме, болмаса ұшы-қиыры жоқ жасыл дала мен моншақтай тізілген жұлдызды, көк ашық аспанды сұлу табиғат әсер етті ме, ол әзір бізге мәлімсіз», — деп жазады және «қазақ ақындарының импровизаторлық өнері көшпелі елдің салт-тұрмысына байланысты ғасырлар бойы қалыптасқан ақындық дәстүр негізінде туып, дамыды»… «Импровизаторлық өнері жағынан қазақ ақындары көшпелі араб ақындарынан бір де бір кем түспейді», — деп салыстыра ой түйеді.
Естеліктерден Ш. Уәлихановтың өнерге, оны баяндаушыға деген сүйіспеншілігің, екіншіден, ана тіліміздің қоспасыз, таза күйінде сақталуын қадағалаған қамқоршы екенін және халық арасыңда жылт етіп көрінген игі нышанды қалт жібермей тыңдай да, зерттей де білгенін аңғарамыз.
«Қазақтар жаратылысының өзінен-ақ қабілетті, дарынды және ғажайып сезімтал келеді… Сұлтандардың ерлік істері мен естеліктерін жырлайтын суырып салма ақындары олардың барлық руларында кездеседі. Қазақтардың барлық эпосы мен аңыздары, ертегілері өте көп және олар өлең мен музыканы жақсы көреді».
Шоқанның бұл пікірлері поляк саяхатшысы Адольф Янушкевичтің ойларымен үндес келеді: «… мен алғаш рет өлеңшілерді тыңдауға мүмкіндік алдым. Бұлар қазақ трубадуралары, даланың бардтары — ұлы ақындары. Олардың өлең шығаруы мен қазақтардың көбіне тән орындау дарыны осы халықтың ақыл-ой қабілетін тамаша айғақтайды, қазақтар еңбекке де бейімділігін байқатады».
«Қытайлар мен мұсылман жазушыларының деректері бойынша, ертедегі қазақтардың өз жазуы болған және басқа көшпелілерге қарағанда мәдениеттің анағұрлым жоғары сатысында тұрған». Шоқанның мұндай қортындыға келуіне оның Орхон-Енисей, Талас жазба нұсқаларымен де таныс болуы, Қасым ханның тұсында Қазақ хандығының ішкі және сыртқы саяси жағдайының нығайғаны, сондай-ақ Қазақстан мен Ресейдің арасындағы алғашқы саяси байланыстар осы кезенде жасала бастағаны, мұндай дипломатиялық қатынастардың болғандығын 1575-1584 жылдары жүргізілген патша тізімдері айқындайтыны, «38-ші жәшікте Қасым ханның тұсындағы қазақ кітаптары мен көшірмелері бар» деген деректі дәлел, басқа да көптеген көне жазба нұсқаларда сақталған нақты фактілер себепші болған сияқты.
Шоқан Уәлихановтың әдебиет зерттеу ғылымына қосқан үлесі оның И.Н. Березиннің «Хан жарлығына» жазған пікірі мен Жалайридің «Жәмих-ат-тауариғы» («Жылнамалар жинағы») тарауларын алғаш орыс тіліне аударып, ондағы шығыс терминдерінің сөздігін жасағанынан да көрінеді.
Ш. Уәлиханов «Профессор И.Н. Березиннің «Хан жарлығы» кітабына ескерше» деген шығармасында Сеадат-Гирей жарлығыңда ноғайлының Орал ордасындағы рубасы, ақтастық Әли биді қазақ жырларында күні бүгінге дейін айтылатын Кіші орданың батыры Шораның қалай талқандағаны суреттелген.
«Жамих-ат-тауарихты» тарихи, әдеби құнды мұра ретінде бағалаған Ш. Уәлиханов Қадырғали Жалайри халқымыздың тарихын, өмірін басқа тармхшылардан жақсы білгендіктеп, өз еңбегінде оларға кең орын бергеніп, тілі өте көркем екенін қызыға жазған. Есімі аңызға айналған, түріктілі арқылы дүние жүзінің барлық негізгі тілдеріне аударылып, әлемді шарлаған атақты «Оғыз-нама» эпопеясының бас қаһарманы Оғызхан жайлы мәліметтерге зор көңіл бөлген.
Ш. Уәлмхаіюв зерттеулерінде «тарихи жыр» терминін қолданған. А.Байтұрсыновтың «Әдебиет танытқыш» еңбегінде тарихи жырдың жаирлық ерекшелігіне мынандай анықтама берілген: «Тарихи жыр деп, тарихта болған оқиғалар, қазақтан шыққан адамдар турасында басқа жұрттардың тарихында жазылған мағлұматтар бар, халықтың өзінің есінен кетпеген, қазақ басынан кешірген оқиғалары толып жатыр, солар туралы өлең етіп шығарған сөздер болса, солар тарихи жыр болады». Шоқан ХУШ-ХІХ ғасырларда, Абылай заманы тұсында ерекше дамыған тарихи жырларға зор мән берген. Ғалымның «XVIII гасыр батырлары туралы тарихи аңыздар» атты еңбегінде тарихи жырларда, аңыздарда есімдері зор сүйіспеншілікпен айтылатын тарихи тұлғаларға, олардың қаһармандағына ғылыми дәлдікпен, керкем барлау жасаған.
Шоқанның «XVIII ғасыр батырлары туралы тарихи аңыз» шығармасында атақты Баян батырдың қазасы, қалмақ әйелдерінің (Шарыштың анасының, Теміржан батырдың қарындасының) жоқтау зары, елшілік алмасу дәстүрі және басқа да жайлар қамтылған.
«XVIII ғасыр батырлары туралы тарихи аңыз» — белгілі сюжетке құрылған, оқиғасы қызғылықты, адам психологиясын терең ашып суреттеген асыл мұра, әрі қысқа, әрі нұсқа туынды. Ұлы зерттеуші осынау құнды шығармасында тарихи кейіпкерлерді қандай шебер шоғырландырған, заман тынысын қалай дөп басып, естен кетпестей айшықты бейнелеген десеңші! Көз алдыңызға кесек бітімді, мәрт мінезді ірі тұлғалар, жанды қаһармандар келеді. Өзіңізді қазақ даласындағы ұрыс майданына араласып кеткендей сезінесіз. Бұл қаламгер дарынының сиқырлы құдіреті болса керек!
Ш.Ш. Уәлихановтың орыстың озық мәдениетімен танысып, көзқарасының қалыптасуына Омскідегі кадет корпусына түсіп оқуы себеп болды. Осы оқу орны арқылы жас Шоқан әскери даярлықтан өтумен бірге, жалпы білім беретін физика, химия, арифметика, алгебра, геометрия, тригонометрия, география, жалпы тарих, Ресей тарихы, орыс және Батыс Европа әдебиеті, философия негіздері, сызу, сурет, орыс және түркі тілдері пәндерін оқып үйренді. Кадет корпусында ол демократияшыл бағыттағы Н.Ф. Костылецский, К.К. Гутковский және Г. Гонсевский т.б. сияқты өз кезінің жан-жақты білімді адамдары болып табылатын оқытушылардан дәріс тыңдап, тәлім-тәрбие алды. «Корпустың осылардай жақсы оқытушылары, — деп жазады Ә.Х. Марғұлан, — жас Шоқанды білімге, ғылымға қызығушылық туғызды, оның демократиялық көзқарастарының қалыптасуына көмектесті, кітапқа, ғылыми және көркем әдебиетті оқуға сүйіспеншілігін тәрбиеледі».
Оқып жүрген кезінде Шоқанның өз кітапханасы болған, ол орыс және Батыс Еуропаның атақты жазушыларынан Пушкин, Гоголь, Белинский, Герцен, Диккенс, Теккерей т.б. көркем шығармаларын оқыған. Бұл жөнінде осы корпустағы оның досы Г.Н. Потанин былай деп жазады: «Шоқанның ой-өрісі тез дами бастады. Сондықтан ол өзінің орыс жолдастарын басып озып кетті. Оның табиғи ақылдылығымен бірге басқа да артықша қасиеттері болушы еді… Шоқанға көп адамдар құштар болатын…
Бұл қырғыздың баласы сондай қабілетті, тілші суретті де оқуға келуден бұрын жақсы сала бастаған».
Ш. Уәлиханов корпус оқытушыларының үлгі, әсерінен тарих, географиямен әуестеніп, соның негізінде өзінің туған өлкесін зерттеуді арман ете бастайды. Г.Н. Потанин Шоқанның оқып жүрген кезінде-ақ ғылымға қатты құмартқанын былай суреттейді: «Ол мектеп қабырғасында-ақ саяхатшылыққа әзірленді, Палластың, Рычковтың, Левшиннің, Вельяминов, Зерновтың шығармаларын және басқа да толып жатқан кітаптарды бірнеше рет қайталап оқып үлгерді…
Оған кадет басшылары келешектегі зерттеуші, мүмкін ғалым болады деп қарайтын еді». Ал кадет корпусының соңғы курсында өзінің оқытушысы Н.Ф. Костылецкий арқылы Шоқан Қазан университетінің профессоры И.Н. Березинмен танысалы. Осы таныстық Ш. Уәлихановтың Шығыс тарихы мен ауыз әдебиетін зерттеуге бағытталған ынтасын бұрынғыдан да күшейте түсті.
Шоқанның орыс ғалымдарымен достық байланысының кеңейе түсуінде орыстың көрнекті ғалымы және қоғам қайраткері Петр Петрович Семенов-Тянь-Шанскиймен (1827-1914) танысуының зор мәні болды. 1856 жылдың қасында Омскіде П.П. Семенов-Тянь-Шанским Шоқанды бірінші көргеннен-ақ, болашақ ғалымның талаптылығына және табандылығына, білім құмарлығына сүйсініп, өмірін өз халқы үшін ғылым жолына арнамақ болған ниетін жоғары бағалайды.
Ш. Уәлихановтың философиялық саяси әлеуметтік және ағартушылық көзқарастары XIX ғасырдың ортасындағы орыстың материалистік философиясының, Н.Г. Чернышевский бастаған революцияшыл демократтарының идеяларының ықпалымен қалыптасты. Сонымен қатар оның демократиялық көзқарастарының қалыптасуына екі жылдай Петербургте болуының да үлкен әсері тиді. Шоқанның Петербургтегі еңбегін Тянь-Шанский жоғары бағалады. Ол: «Өте үздік талант иесі болған Уәлиханов… соңынан Петербург университетінде лекция тыңдады және француз бен ағылшын тілдерін сонша жақсы үйренумен бірге, «Шығыс тарихын», әсіресе қырғыз тайпалас халықтар өмірін, өте білгіш болып шықты»,- деп жазды.
«Современник» журналының редакциясымен танысып, орыстың ұлы революцияшыл демократы Н.Г. Чернышевскиймен кездесуі қазақтың жас демократ ғалымының материалистік және демократиялық көзқарастарының қалыптасуын жеделдетті.
Шоқан туралы: «Ол алпысыншы жылдардың қозғалысымен де әуестенді»,- деп жазды академик А.Н. Пыпин.