Тарихшы, публицист, лингвист, географ, музыка зерттеушісі, археолог, этнограф, саяхатшы, ағартушы-демократ. Құсмұрын бекінісінде (Көкшетау облысы), Абылайханның немересі, қазақтың сұлтаны Шыңғыс Уәлихановтың отбасында дүниеге келген. Ауыл мектебінде оқыған, кадет корпусын бітірген (1853). Батыс Сібір Генерал — губернаторында әскерлік қызмет атқарған. Орта Азия мен Қытайға жасалған бірнеше экспедицияға қатысқан. 1859-1862 ж.ж. Петербургке барған кездеріңде А. Шапов пен Т. Елисеев т.б. тобындағы, тәрбиесіндегі демократиялық бағыттағы интелегенциямен араласалы. Н.Г. Чернышевскийдің «Современник» және А.И. Герценнің «Колоколымен» танысалы. Ғылым Академиясының және орысгың географиялық қоғамының жұмысына белсене араласалы.
Шоқан Уәлиханов мұсылман дін басіпылары халық ағарту ісін өз қолына алғанын, мектептер мен медреселер құнды оқушыларға құрғақ жаттататының, оның маңызын түсінбейтінін, сол кезең үшін, оның ешбір пайдасыз екенін қатты сынады. Қазақтардың білім сипатынын оның мәнділігі мен маңызын, сол кезең үшін гумандық, халықтық — деп түсінген Шоқан, білім мен оқу ғана қазақтарды әлеуметтік-әділетін күреске жұмылдырады, тек білім мен оқу көшпенділерді қоғамдық прогресс пен еркін дамуға жол көрсетеді — деген үлкен гуманистік ой-пікірде болды.
Шоқаныың көзқарастары материалистік бағыт ұстады. Психологияны, оның ішінде этнопсихологияны, оның этнопсихологияның табиғатын түсінуі, оның әртүрлі факторларын толықтыруы соны көрсетеді. Орта Азия, Қазақстан мен Шығыс Түркістан халқының психологиялық ерекшелігі туралы мәселені Ш. Уәлиханов жалпы мәдениетті дамыту және «халықтық рухты» қайта ояту проблемаларымен берік байланыста етіп шешуге тырысты. Ғалым Шоқан халық мінезінің сипатын, оның пайда болуын көп жоспарлы, сан қилы мақсатта қарастырды. Сөйтіп, ол өзінің көптеген шығармаларында халық тұрмысын, әдет-ғұрпын, тілін, өзара қарым-қатынасын, дінін, оның әрқайсының ерекшелігін асқан дәлдікпен талдау жасалы.
Ш. Уәлихановтың оқу-ағарту қажеттілігі туралы ойы, ғылым халықты дамытатынын, олардан оқу-тәрбиедегі маңызды жол ұрпақ тәрбиесінің бастауы екенін дәлелдеуі, оның прогрессивтік көзқарастарының ерекшеліктерін көрсете отырып, Қазақстандағы қоғамдық ойдың дамуына айтарлықтай әсер ететінін дәлелдейді.
Ғалымның шығыс, батыс халықтарының көптеген тілдерін білуі әр түрлі қайнар көздерге сүйене отырып, көне жазбаларды, жылнамаларды салыстыра зерттеуге, тарихи шындықты айтуға мүмкіндік туғызды. Шоқан өз ойын нақты дәлелдеу үшін Орта Азия халықтарының тарихын көп зерттеген Жолбарыс әулетінен шыққан Абылғазының «Түрік шежіресі» атты белгілі кітабына жүгінеді. «Түрік шежіресін» толықтыра түсу мақсатында ол «Қазақ шежіресі» еңбегін жазады. «Қазақтардың көшпелі еркін тірлігі Азияда дүниеге келіп, дамығаны күмән туғызбаса керек. Олай дейтін себебіміз, орыс жылнамалары (Пеков жылнамалары) біздің сөзімізді растайды»,-деп баяндайды да, сол кездегі көптеген авторлардың еңбектеріне шолу жасайды, олардың деректерін шежірелермен салыстырады.
Қазақтың әрбір ру басылары өз ру-тайпасының шежіресін — шыққан тегін, елдің әдет-ғұрып зандарын, ескі жарлықтарын, халықтың басынан өткен тарихи жайларды көп жасаған ақсақалдардан ыждаһатпен үйреніп, өзінің шешендік өнерін шындауда аңыз-әңгімелерді, мақал-мәтелдерді, маңызды оқиғаларға қатысты ұлағатты асыл сөздерді ұзақ уақыт жаттайтынын, сондай дайындығы бар билердің аузынан шыққан сөздерді халық ұйып тындайтынын, ол нақыл сөздердің өмірдің бар саласын қамтитындай өсиет-өнегеге, тәлім-тәрбиелік, ғибраттық мазмұнға толы болатынын ұлы ғалым тебірене жазған.
Зерттеуші тарихи аңыздар — тарихи деректер жаңғырығы деп білген. Оның танымдық мағлұматтарын ғылыми еңбектерінде шебер пайдаланған. Ауызша айтылған тарихи толғаныстарды, жазба және археологиялық мәліметтерді өзара салыстырып, ең сенімді дегенін кәдеге жаратқан. Тарихм аңыздардың маңызын ашуда Шоқанның асқан білімпаздығын танытатын мұрасының бірі — «Оңтүстік Сібір тайпаларының тарихынан жазбалар». Зерттеуші бұл еңбегін жазу үстінде дүние жүзі шығыстанушыларының бұрын-сонды жарық көрген шығармаларына жүгінгенін көреміз. Левшин, Риттер, Клапрот зерттеулеріндегі пікір қайшылықтарын, неміс шығыстанушысы Бильгельм Шоттың және орыс этнографы Евгений Огородниковтың якут (саха) халқының тарихы туралы айтқан пікірлеріндегі бұрмалаушылықты, қателер мен үстірт жорамалдарды ғалым аталған еңбегінде сынайды, өзінің батыл ойларын айтады.
«Қазіргі қолда бар деректерді ел аузындағы аңыздармен, ноғайлармен қарым-қатынас жайлы орыстың елшілік фактілерін Жалайридың «Жылнамалар жинағымен» салыстырған жөн» — деп жол сілтеген кемеңгер ғалым «Қырғыздар туралы жазбаларында» Орта Азия көшпелілерінің өздерінің ата-бабаларының, даңқты батырларының ерлік істерін баяндайтын, құйма-құлақ аңызшылар аумай-төкпей жеткізген аңыздары бар, бұл аңыз-ертегілер халықтың өткендегі өмірінің қысқаша тарихи суретін бейнелейді, өздерінің батырлары мен халық арасындағы оқиғалары туралы аңыздарды жырға айналдырырп, келешек ұрпаққа от басындағы естелік-әңгіме ретіңде жеткізіп отыру барлық көшпелілерге тән салт», — деген саликалы қорытынды жасайды.
Ш. Уәлихановтың әдеби мұрасынан халық ауыз әдебиетінің барлық нұсқаларына байланысты ойлы тұжырымдарды, тың мағлұматтарды табуға болады. Талантты ғалымның «Бұқардың Абылайға айтқаны», «Абылай туралы жырлар», «Шора», «Орақ жырлары», «XVІІІ ғасыр батырлары туралы тарихи аңыздар» т.б. шығармалары қазақ әдебиегі тарихына қатысты көлемді зерттеулер болып табылады. Соңдай-ақ Шоқанның «Қазақ халық поэзиясының тұрлері туралы» еңбегі поэзиямыздың теориясы жөніндегі алғашқы зерттеулердің қатарына жатады. Ал атақты «Жонғар очерктері», «Қырғыздар туралы жазбалар» сияқты монография дерлік шығармаларының көптеген беттері қазақ әдебиеті мәселелеріне арналған.
Ш. Уәлиханов қазақ өлеңдері мен ауыз әдебиеті туралы алғаш деректер жинаған Н.П. Рычковтың 1770 жылы жарық көрген «Күнделік жазбаларын», А.И. Левшиннің 1832 жылы баспадан шыққан «Қырғыз-қазақ немесе қырғыз-қайсақ ордалары мен даласы туралы жазбаларын» т.б. ғалым-саяхатшылардың жазғаңдарын ой едегінен өткізіп, сын-ескертпелер жасағанын айта кеткен жөн.
Әдебиетімізді, тарихымызды, мәдениетімізді, ағартушылық тәлімді теріс түсіндіруді көздегеғідерге батыл наразылық білдірген Уәлиханов өзі бас болып әдеби мұрамыздың шынайы мәғгін ғылыми негіздеуге арналған зерттеулер жазды. Қазақтың халық поэзиясына алғаш теориялық талдау жасалы.
Ғалым өзінің «Жоңғар очерктерінде» халық аузындағы нақыл сөздерді зерттеудің этнография үшін орасан зор маңызы бар екенін, оны өзінен бұрынғы ғалымдар да сан рет аңғарғаның, өйткені одан халықтың тұрмысы мен әдет ғұрпы айқынырақ көрінетінін тебірене жазған. «Ескі нақыл сөздерге бай келу Солтүстік Азия мен Орта Азияның көшпелі халықтарының ерекше бір қасиеті болып табылады. Оңдай нақыл сөздер не ру ескерткіші ретінде, мәселен заң, ғұрып аңыздары ретінде қариялар аузында қасиеттеліп сақталып отырады, не халық жыры түрінде бір ұрпақтан екінші ұрпаққа белгілі жыршылар арқылы жеткізіліп отырады». Қазақ мақалдары ықылым замандағы көріністі, сенімді айқындай түсетін құрал ретінде пайдаланыла-тынын жазады. Қазақ тілінде халықтың мінез-құлқын, жалпы ерекшелігі туралы ұғымды нақты білдіретін мақалдар да бар екенін айта келіп, мақалдарды бір тілден екінші тілге аударғанда мәні кететінін, оны дәл аударудың қиындығын айтқан және өзінің үш жүздей мақал жинағанын да біддірген. Зерттеуші халықтың тұжырымды ойға құрылған мақал-мәтелдеріғгің қайсыбіреулерінің мазмұнын дәл сақтай отырып орыс ттліне аударды, оған түсініктер берді. Ондағы ойы орыс оқырмандарын халқымыздың мәдениетімен, әдебиетімен тереңірек таныстыра түсу болды.
Әпсаналар мен аңыздарда әр қырынан көрінетін, бүкіл түркі тектес халықтарға ортақ тарихи тұлғалардың бірі — ұлы бабамыз Қорқыт Ата туралы Шоқан Уәлиханов қысқа болғанымен мәнді, мағыналы мағлұматтар келтіреді. Әр халықтың жазба мәдениеті, ауыз әдебиетінің үлгілері жайлы баяңдағанда, Қорқыт Атаның да көптеген халықтарға танымал бейне екеніне тоқталады. ‘Жоңғар очерктерінде» Қорқытқа байланысты ертегі, жырлар территориялық және тіл жағынан жақын халықтардың әдеби, мәдени бірлігін нығайтуға септігін тигізгенін айтады.