Өлеңмен жастайынан әуестенген Шәкәрім өмір бойы өз шығармашылығында Абай салған жолды ұстанумен өтті. Сондықтан да Абайдың шын мәніндегі шәкірті, рухани мұрагері болып саналады. Шәкәрім өз бетімен заманына сай жеткілікті білім алды. Шығыс және Батыс әдебиетін зейін қойып оқып, араб, парсы, түрік және орыс тілдерін еркін меңгерді. Алғашқы шығармаларында жастарды Абайдан үйренуге шақырады («Жастық шақ туралы», «Кәрілік», «Кел, жастар, біз бір түрлі жол табалық»), адам ниетінің түзулігін, адалдықты жырға қосты («Өмір», «Сәнқойлар», «Құмарлық», «Қалжыңбас»), оқу-білімге шақырып, адал сезім, таза сүйіспеншілікті жырлады. («Жастарға», «Анық асық әулие», «Шын сырым»). Шәкәрім өзі өскен ортадағы ру таласы, күншілдік, тақ таласы сияқты жағымсыз кұбылыстарға сын көзімен карады. Бұл мәселелерді «Қалқаман-Мамыр», «Еңлік-Кебек», «Айсұлу-Нартайлақ» поэмаларында, «Әділ-Мария» романында ашып көрсете білді.1905-1906 жылдары Шәкәрім қажылыққа барады. Жолжөнекей ақын Парижде аялдама жасайды. Стамбұлда да тоқтаған деген жорамал бар. Осы қалалардың кітапханаларынан алған материалдары бойынша «Түрік», қырғыз, қазақ және хандар шежіресі» және «Мұсылмандық шарты» еңбектерін жазды. «Ләйлә-Мәжнүн» (1907) поэмасында Шәкәрім көпшілікке белгілі шығыстық сюжетті негіз етіп алып, махаббат пен кұштарлықты жырға қосты. 1917 жылғы Қазан төңкерісін үлкен үмітпен қарсы алып, оған өзінің өлеңдерін арнады. Шәкәрімнің халық арасында беделі жоғары болғанына қармастан, «Кеңес өкіметінің жауы» деген жалған айыппен түрмеге жабылды. Көп ұзамай абақтыдан босап шыққанымен, 1931 жылы сатқындардың қолынан қаза табады. Шәкәрім Құдайбердіұлы «Үш анық» аталатын философиялық «Мұсылмандық шарты» деген трактаттар авторы, көптеген орыс және Шығыс әдебиетінің озық үлгілі аудармалары Шәкәрім қаламынан туған. А.С.Пушкиннің «Дубровский» және «Боран» повестерін өлеңге түсіріп, Л.Н.Толстойдың Физули мен Хафиздің туындыларын қазақша тәржімеледі. Ұлы Абайдың реалистік дәстүрін жалғастырушы ұлы ойшыл ақын Шәкәрім шығармашылығы өзінің кең тыныстылығымен, шыншыл да сыншыл әуенімен ерекшеленді.Оның әдеби мұрасы сан алуан: философия, этнография, әдет-ғұрып және дін тақырыбы. Шәкәрім ғұлама ғалым әрі композитор ретінде де танылды. Қазақ әдебиетінің бірегей классигі, ұлы Абайдың мұраттас мұрагер шәкірті, аса ірі ақын, ойшыл философ, тарихшы ғалым . Шәкәрімнің әкесі Құдайберді мен ұлы ақынымыз Абай ағалы-інілі туысқан адамдар. Шәкәрім Құдайбердіұлы — шығармалары арқылы, өз өмір жолы мен шығармашылық қызметі туралы мол деректер қалдырған қаламгер. Ақынның көптеген өлеңдері, «Мұтылғанның өмірі» поэмасы, «Түрік: қырғыз-қазақ һәм хандар шежіресі», «Үш анық» кітаптарындағы кездесетін өмірбаяндық деректер шоғыры мен танымдар қайнары ақын өмірі мен шығармашылығын зерттеушілерге біраз көмегін тигізетіні анық.Ақынның талассыз ізденістері мен қажырлы еңбектері нәтижесінде: «Түрік, қырғыз-қазақ һәм хандар шежіресі» (Орынбор, 1911 жыл), «Мұсылмандық шарттары» (Орын-бор, 1911 жыл), «Үш анық» (Алматы «Қазақстан» 1991 жыл), «Иманым»— өлеңмен жазылған философиялық трактат сияқты ғылыми еңбектер, «Еңілік-Кебек», «Қалқаман-Мамыр», «Нартайлақ пен Айсүлу», «Ләйлі-Мәжнүн», «Дубровский» сынды эпикалық поэмалар, көптеген лирикалық өлеңдер, жиырма шақты әндер дүниеге келіп, әдебиетіміз бен мәдениетіміздің алтын қорына қосылды, халқымыздың рухани қазынаына айналды. Ғалымның 1905—1906 жылдар аралығындағы Меккеге барған қажы сапары туралы ақын шығармаларывда аз-ды-көпті айтылғанына карамастан ол арнайы зерттеуге тұратын кәделі нәрсе. Шәкәрім өзінің қажы сапары туралы: «… Мен пақыр 1905 жылдан 1906 жылға қарай қажыға барғанда тақияны кердім»— деп жазды, Семей облысының сол кездегі уақытша генерал-губернаторы генерал-майор Гал-киннын 1906 жылы 8 наурыздагы дала генерал-губернаторына жазған № 637 қатынас қағазында: «Предсгавляя при сем четыре заграничных паспорта за 88 6411, 64, 6443 и 64 4 отобранные от возвратившихся ог паломничества киргиз Бугулинской волости Семипалатинского уезда, Курманкожи Кубеиова, Кутана Джулджасарова из Чингизской волости, того же уезда Шакарима Худайбердина и Куранчи Чокина, донопшу, что» означенные паломники, по прибытии в пределы своего уезда, были сквидетельствованы в состоянии здоровья и оказались здоровыми»,— деп жазған екен. Бүған қарағанда Шәкәрімнің қажы сапарының бары келіс жолы жөнінде толық ақпарат беретін архивтік құжаттар табылып калар деген сенім бар. Ал жоғарғы архив құжатын қарап, Шәкәрім Құдайбердіүлының Меккеге барарда алған шетелдік паспорты 6443 нөмірлі екенін білуге болады. Шәкәрімнің Мекке бару сапарының басты мақсаты әдеттегі қыр қазағының құдай үйіне тәу етіп, кажы ата» ту емсесті. Өзінің дін төркіндерін зерделеу ниетінен туған ғылыми сапар деп үғыну керек. Оған оның қажы болып келгеннен кейінгі жазған еңбектері далел бола алады. XX ғасырдың алғашқы жылдары Шәкәрім шығармашылық қызметінің өрлеу жылдары болды. Ақын 1911 жылы Орынбордан екі кітабын, «Түрік, қырғыз қазақ һәм хандар шежіресі», і(Мұсылмандық шарттарын бастырып шығарса, 1912 жылы Семейде «Ярдем» басласынан, «Қазақ айнасы», «Қалкаман Мамыр», «Жолсыз жаза» («Еңлік-Кебек»), үш бірдей кітабын бастырып шығарды.
1931 жылы қазанда аяулы ақын жазықсыз жалаға ұшырап, жолсыз жазаға тартылып ГПУ қызметкерлері тарапынан оққа ұшып қаза болды. Ұлы талант, ғұлама ғалым көмүсіз, кебінсіз айдалада ұзақ жылдар бойы іздеусіз жатты.
Ақын опат болғаннан кейін, тоталитарлық кеңес өкіметі ұзақ жылдар бойында буржуазиялық ұлтшыл «Алаш» партиясының қызметінде болды, коллектив-тендіру науқаныңца бай кулактармен ниеттес болып, кеңес құрылысына қастандық жасады деп заңсыз, дәлелсіз қаралап келді, тек 1988 жылы ақталып Шәкәрім Құдайбердіұлы халқымен қайта табысты.