Ш.Уалиханов еңбектерінен өз маңызын әлі жоғалтпаған өзіндік және жан-жақты терең ойлар мен идеяларды, қорытындыларды, қызғылықты гипотезалар мен фактілік мәліметтерді кездестіреміз. Ғалымның танымының кеңдігі, білімдарлығы, өзекті және өте күрделі де өте қиын проблемаларды зерттеу шеберлігі, Шығыс халықттарының өмірі мен мәдениетін, олардың тағдырына алдыңғы қатарлы орыс мәдениетінің рөлі мен маңызын терең түсіну оқырманды таң қалдырады.
Шоқан қазақ халқының ежелгі тарихын зерттеуде археологиялық және архитектуралық ескерткіштерді маңызды дерек деп есептейді. Оның ойынша, көшпенділер қаланың қираған орны, қоныс қалдықтары сияқты материялдық мәдениеттің елеулі қалдықтарын қалдыра алмайды. Алайда Қазақ даласында, деді ол, зерттеушілердің назарын аударатын әр түрлі қабыр үстіндегі ескерткіштер, қорғандар, мавзолейлер, діни ескерткіштер көп кездеседі, өйткені қазба кезінде табылған заттар ежелгі халықгардың салт-дәстүрін, әдет-ғұрпын, діни нанымдарын, кәсібін, материалдық мәдениет деңгейін сипаттайды.
Төңкеріске дейінгі тарихнамада қазақтардың шығу тегі туралы көптеген құнды бақылаулар кездеседі. Мәселен, Шоқан еңбектерінде аса қызғылықты антропологиялық бақылаулар берілген. Бұл мәселені шешуді ол туған халқының тарихы мен этнографиясын зерттеу қызметінің негізгі міндеті деп есептеді. Оның “Жоңғар очерктері”, “Қырғыздар туралы жазбалар”, “Қырғыздар шежіресі” және тағы да басқа еңбектерінде қазақтардың физикалық кейпі туралы “түріктер мен маңғолдардың араласуы нәтижесінде қалыптасты, бірақ маңғол тамыры едәуір басым болған” [27, 210 б] дейді. Сонымен қатар оның дәлелдеуінше “бұл халық XIV ғасырдан бұрын қалыптасқан жоқ”. [27, 130 б]. Қазақтардың этникалық бірлігінің мұндай хронологиясы Қазақстанның ежелгі тарихы бойынша қазіргі кездегі ғалымдардың мәліметтерімен сәйкес келеді. Ш.Уәлиханов А.Левшин мен А.Вамбери қолдаған қазақ халқы маңғолдар дәуіріне дейін құрылды деген ғылыми болжамды үзілді-кесілді жоққа шығарады. Бұл оқиғаны ол XIV ғасырдың екінші жартысында түркі-маңғол ордаларының ыдырап, Қазақ Ордасының құрылуымен байланыстырады. Бірақ мемлекеттілік халықтың міндетті белгісі болып табылмайды. Қазақ даласындағы халықтың құрылуы феодалдық құрылыстың қалыптасуы мен байланысты. Қазақ хандығының құрылуын XV ғасырмен XVI ғасыр басындағы қазақ халқының ауыртпалықсыз қалыптасуын қамтамасыз еткен қолайлы жағдай ретінде қарастырған дұрысырақ.
Ш.Уәлиханов қазақ халқы құрылғаннан кейін де оның құрамына жекеклеген ру-тайпалық құрылымдардың кіргенін түсінді. Қазақ халқының ру-тайпалық құрылымын, жекелеген тайпалар мен рулардың шығу тегін, олардың жерге қоныстануын зерттей отырып, бұл халықтың негізін Кіші жүзге кірген тайпалар құрды деген қорытындыға келеді [27,207-208 б]. XIV ғасырдың екінші жартысы мен XV ғасырда қазақтарға Ұлы және Кіші жүз тайпалары қосылады. Бұдан кейінгі дәуірде басқада тайпалардың, мысалы ноғайлардың қосылуы байқалады. Бірақ бөлініп кеткендер де болған.
Уәлихановтың еңбектерінде қазақ халқын құраған әр түрлі ру-тайпалық топтардың тарихы бойынша көптеген құнды мәліметтер келтірілген.
Шоқан этногенетикалық мәселелерде, ең алдымен, шындыққа сәйкес келетін және жан-жақты деректерді пайдаланып, шектес ғылымдардың ғылыми қорытындыларына сүйене отырып шешу қажеттігін жақсы түсінген. Оның алдындағы әріптестері жазба деректерге баса назар аударған болса, ол жазба деректермен қатар қазақ тарихнамасында алғашқылардың бірі болып қазақ халқының, оның этникалық территориясының, шаруашылығының, тілі мен мәдениетінің қалыптасуын зерттеуге таптырмайтын дерек ретінде этнография мен фольклор мәліметтерін, қазақ аңыз-әңгімелерін, мақал-мәтелдерін жоғары бағалайды. Этнографиялық және фольклор деректерінің ежелгі тарихты зерттеудегі маңызы туралы ғалымның ойлары оның “Жоңғар очерктері”, “Оңтүстік сібір тайпалары туралы”, “Қырғыз шежіресі” деп аталатын еңбектері мен мақалаларында анық баяндалған.
Ш.Уалиханов Ұлы жүзді зерттеуге елеулі үлес қосқан. XIX ғасырдың ортасына дейін ғылымда Ұлы жүз бен қырғыздардың этникалық тобы қазақтардан ерекше халық құрады деген қате пікір үстемдік еткен болатын. Шоқан қазақтар мен қырғыздар арасындағы этникалық және антропологиялық айырмашылықтарға қатысты дәлелді фактілерді келтірген төңкеріске дейінгі Қазақстан зерттеушілерінің бірі. Бұл, ең алдымен, XIX ғасырдың ортасында аталған халықтар туралы теріс түсініктер болуына байланысты айтылды. “Мен осынау мүлде өзгеше екі халықты шатастырмауды атап көрсетуді қажет деп есептеймін”- деп жазған Ш.Уәлиханов [27,401б]. Ол осы халықгардың айырмашылығын материалдық және рухани мәдениет саласында ғана емес, олардың физикалық келбеті саласында да көрсетуге тырысады. Шоқан өзінің көркем суреттерінде Омбының жекелеген қазақтардың және Ыстықкөл қырғыздарының бейнелерін қатар салып, арнайы антропологиялық салыстырулар жүргізеді. “Бұл екі халық,,-деп жазды сосын ол,- тілі, шығу тегі, салт-дәстүрі бойынша ерекшеленеді. Тіпті буруттардың бет әлпетінде қайсақтарға жат өзгешеліктері бар”. [27, 402б]. Ғалым олардың суреттерін сала отырып өзіндік физикалық ерекшеліктерін көрсетеді. Өз сюжеттерінде, суреттері мен картиналарында жоғары қабақтың ашық қыртысын беттегі үшінші түкті жабындымен шебер үйлестіреді. “Сартай әулетінен шыққан Сарбағыш”, “Боранбай” және тағы да басқа этюттерінде ол сирек сақалмен үйлестіре отырып, өзіндік физикалық қасиеттерін ғана емес, нәсіл түрінің бірқатар антропологиялық ерекшелігінің негізін құрайды. Сондықтан Ш.Шыңғысұлының “Үлкен, Орта және Кіші қырғыз—қайсақ ордалары қырғыздардан ерекшеленетін қазақ деген халықты құрайды…” деп атап тұрып көрсетеді [27, 401 б] Тұтастай алғанда халықтардың Шоқан дәл байқаған нәсілдік айырмашылықтары тек қазіргі кездегі антропологиялық материалдарда жан-жақты дәлелденді. Шынымен-ақ қазақтар мен қырғыздардың қазіргі кездегі антропологиялық сипаттамаларында олар оңтүстік нәсілінің әртүрлі нұсқаларына жатады. Олар арнайы әдебиетте Казақстандық және Тянь-Шань маңайындағылар деп аталады. Олардың негізгі антропологиялық ерекшеліктері мынау: қазақтармен салыстырғанда қырғыздарда денедегі үшінші түкті жабындының сиректігі, эпикантустың болуы, беттің тығыздығының жоғары деңгейі, бас сүйектегі мұрынның шығыңқы орналаспауы, жоғарғы тістерінің күрек тәрізділігі мен азу тістеріндегі метаконойдтың буын-буын қыртыстарының жиілігі және монголоидты сипаттың басқа да дерматоглифті, серологиялық комплекстерінің болуы. Тұтас алғанда кеңес антропологтарының еңбектерінде қазақтар мен қырғыздар арасындағы антропологиялық ерекшеліктер Ш. Уалиханов жүз жыл бұрын көрсеткен белгілермен шамалас беріледі.
Ш.Шыңғысұлы қазақ халқының тарихы мен этнографиясы бойынша өзіне дейін белгісіз болып келген жазба деректерді іздеп тауып, зерттеді. Атап айтқанда орыс деректерін зерттеді, оларды өз еңбектерінде кеңінен пайдаланды. Ал шығыс деректерін зерттеуге Уалиханов 1853—1856 жылдары бет бұрды. Осы жылдары ол «Профессор И.Н.Березинге хат» және оның Алтын Орда мен Қырым хандарының тархандық атақтарына арналған «Хандық атақтар» кітабына естеліктер жазған.
XIX ғасырдың ортасында тархандық атақтарды көптеген орыс ғалымдары зерттеген. Соның бірі — белгілі шығыстанушы И.Н.Березинге хат және оның еңбектеріне рецензия жазады. Алайда бұл еңбектер жарыққа шыкқан жоқ, ал тархан атақтары бұдан кейін арнайы зерттелмеді. Тек А.Н.Самойлов қана И.Н.Березиннің жұмысына бірнеше түзетулер енгізді.
Уалиханов шығармаларының бірінші томында жарияланған тархан атақтары туралы еңбектері бұл тарихи құжаттарға ғалымдардың назарын қайта аударды және Алтын Орданың әлеуметтік-эканомикалық тарихын зерттеуде маңызды рөл атқарды. Қазақ ғалымы тархан мәтіндерін қазақ халқының этногенезі тұрғысынан зеттеді.
Уалихановқа белгілі көптеген шығыс қолжазбалары арасынан ол Рашид-ад-диннің «Джами-ат-тауарих» , Мұхаммед Хайдардың «Тарих-и-Рашиди» және Қадырғали Қасымұлы Жалайыридың «Джами-ат-тауарих» («Жылнамалар жинағы») еңбектеріне назар аударады.
Рашид-ад-диннің шығармалары Уалихановқа француз шығыстанушысы С. Д.Оссонның, Қазан университетінің профессоры Ф.И.Эрдманның, Қадырғали Жалайыридың және М.Картмердің де еңбектерінен белгілі болған. Бірақ ол бұл шығармамен 1860 жылы Петерборға келгеннен соң И.Н.Березиннің аудармасы қолына тигеннен кейін ғана жақын танысады. Бұл басылымды зерттей отырып, ол И.Н.Березиннің аудармасы мен түсініктеріне баға беруді, шығарманы конспектілеп, оның мәліметтерін содан кейін барып қана қазақ халқының этногенезін зерттеуге пайдалануды бірінші мақсат етіп қояды.
Сөйтіп еңбекті конспектілейді және басып шығарушының атына бірнеше сыни ескертпелер жасайды. [27, 138-139 б]. Ол қытай деректерімен салыстырғанда құнды тарихи — этнографиялық мәліметтер бар деп Рашид-ад-дин шығармасын жоғары бағалайды.
Мұхаммед Хайдардың қолжазбаларымен де Уалиханов 1860 жылы Петербордағы Азия мұражайының кітапханасында танысып, зерттеді. Еркін аудармасы және «Тарих-и-Рашидидің» қашғар мәтінінен үзінділер келтірілген бірен-саран мақалалары сақталған.
Уалиханов Қадырғали Жалаиридің қолжазбасын да мұқият зерттеген. Бұл шығармадан ол қазақтарға қатысы бар бөлімдерді ішінара аударады, аудармаға ескертулерді және этнографиялық терминдер сөздігін қосып береді, мәтіннің мазмұнын талдайды және олардың мәліметтерін өз мақалаларында, рецензиялары мен хаттарында пайдаланады. Бұл қолжазбаны ол ХІҮ-ХҮІ ғасырлардағы қазақтардың тарихы бойынша тамаша дерек деп есептейді.
Шоқан шығармаларында қазақ халқының материалдық және рухани мәдениеті сипатталған. Оның «Ежелгі кезеңцердегі қырғыздардың қарулануы және олардың әскери сауыт-саймандары», «Көшпенді қырғыздар туралы» мақалалары үлкен ғылыми қызығушылық тудырады. «Қазақ далаларындағы мұсылмандық туралы», «Тәңір» мақалаларында қазақтардағы ежелгі анемистік сенімдер мен соңғы жүз жылда олардың трансформациясы туралы айтылып , ислам діні кертартпа дін ретінде көрсетіледі. [27, 499 б].
Жиналған мәліметтер негізінде Ш.Уалиханов шамандықты тарихи тұрғыдан қазақтардың дінінің, олардың дүние танымының, рухани мәдениеті мен тұрмысының бір бөлігі ретінде зерттеді және оның пайда болуының мәнімен себептеріне материалистік түсінік берген. Оны «Қырғыздардағы шамандықтың іздері» деген мақаласынан көруге болады. [27, 402 б].
Ш.Уалиханов этнографиялық фольклорлық деректерді іздеп тауып, жинақтауға зерттеуге, оларды сынауға және автордың түсініктемесімен, ғылыми дерекнамалық талдаудың нәтижелерімен басып шығаруға дайындалған. Оның бұл қызметі «Сот реформасы туралы жазба», «Үлкен қырғыз-қайсақ ордасының аңыз, әңгімелері», «Қырғыз шежіресі», «ХҮІІІ ғ. Батырлары туралы тарихи аңыздар», деп аталатын мақалаларда көрініс тапты. [27, 505 б]. Оның бұл еңбектері оқырманды ғалымның шығармашылық лабораториясында енгізіп, оның ғылыми жұмыс әдістерін сипаттайды және теориялық тұрғыда маңызды болып табылады.
«Сібір қырғыздары әкімшілігіндегі сот реформасы туралы жазбаларында» Уәлиханов патша үкіметінің Қазақ даласы үшін дайындап жатқан реформасы туралы ойларын демократиялық тұрғыда білдірді, қазақтардың дағдылы құқығын би сотының рөлі мен маңызын сипаттайды.
Шоқан қазақ халқын орыс патшалығының бейбітсүйгіш халқы деп сипаттап, сонымен бірге қазақ халқының экономикалық және әлеуметтік — мәдени артта қалушылығын, таптық әр тектілігін қатал сынады және царизмнің отаршылдық саясатын әшекереледі.[27, 499 б].
Ш.Уәлиханов өз еңбектерінде Қазақстандағы патша үкіметінің басқару жүйесі мен экономикалық саясатын мақұлдамайды. 1822 жылы Сперанский кезінде жасалған «Сібір қырғыздары туралы Уставтың» негізгі ережелері туралы «мұндай реформалар біздің халқымыз үшін апатты және прогреске қарсы» деп ашық айтты. [27, 199 б].
Ғалым қоғамның саяси жүйесіне және оны қайта құруларға үлкен мән берген. Оның ойынша, бұл мәселелердің шешілуі халықтың болашағымен тығыз байланысты. Оның, әсіресе, Петерборға барып келгеннен кейін жазылған шығармаларында «халықтың шынайы мұқтаждықтарын», «олардың қажеттіліктерін» ескере отырып басқару керек деген ой арқау болады. [22, 47 б]. «Ол халықтың пікірі» мен «шын мәніндегі халық қажеттіліктері» арасын шебер айыра біліп, белгілі бір кезеңдерде бұлардың сәйкес келмеуі мүмкін дейді. Ол сонымен қатар, «тұтас ұлттың» мүддесін сословие пікіріне сыйдыруға болмайтындығын жазады. Бұдан келіп шығатыны- халық қажеттіліктері мен мүдделерін ағартуға қолы жеткен, дамыған, «өзін-өзі» таныған еңбекші халық білдіре алады….. Бұл-сол уақыт үшін аса терең пікір.
Ш.Уәлихановтың еңбектерінде қазақтардың өлең-жыр-поэтикалық және музыкалық шығармашылығы жан-жақты баяндалады. Ол ескі поэмаларды, мадақ өлеңдерді, аңыз-әңгімелерді, мақал-мәтелдерді, халықтың рухани-мәдени шығармаларын талмай жинастырады. Ол қазақ халық поэзиясының классификациясымен жасайды. Олардың ежелгі негізі мен басқа халықтармен мәдени байланыстарын қалпына келтіру мақсатымен фольклор шығармаларының әр түрлі нұсқаларын зерттейді.
Жалпы Шоқан бала кезден халық ауыз әдебиетіне құмартқан болатын және өзінің бұл құмарлығын өшірместен Н.Ф.Костылецкий және Г.Н.Потанин секілді зерттеушілерге жазып, түсіндіріп те берді. Өзінің туған елі мен шығыс елдерін зерттеуге деген құмарлық Шоқан Уалихановта кадет корпуста басталады, мұнда ол Г.Н.Потанинмен біргелесіп қазақтың құс салып, аң аулау дәстүрінің егжей-тегжейлігіне жетуге тырысып этнографиялық зерттеуін бастайды десек те болады.
1856 жылы Хоментовский экпедициясымен шыққан Шоқан Жетісу мен Тянь-Шаньда кездескен ерте заманғы мәдениеттің өте сирек ескерткіштері үлкен әсер етеді. Ол әсіресе Ыстық көлдегі ерте заманғы қала мәдениетінің суландыру жүйелерінің қалдықтарына сәулет өнерінің ескерткіштеріне мән береді. Ыстықкөл мен кезінде Шоқан қырғыз ауылдарына барып бұғы, сарыбағыш, солты руларының өмірімен, тұрмысымен танысады. Дәл осы кезде осы рулардың Ресейге қосылу мәселесі туындағаны да белгісіз емес. Сонда Шоқан Уалиханов мұнда тек ғылыми ізденіспен ғана емес саяси пиғылдармен де келсе керек. Шынында да Шоқан ілескен экспедицияның басты мақсаты да Ресейдің Орта Азияны өзіне кіргізуді аяқтау болғаны сөзсіз. Сондықтан ғылым ізденуші Шоқан орыстандырушылардың ықпалында да болған.
Шоқан Шыңғысұлы қазақ халқының этнографиясы мен фольклористикасымен қатар, төл тарихына да үлкен үлес қосқан. Ол соңына әр алуан аяқталған және аяқталмай қалған құнды зерттеулер қалдырған. Оның тарихи-этнографиялық сипаттағы бақылауларының нәтижесі өз тереңдігі мен маңыздылығы бойынша өз замандастарынан әлдеқайда биік тұр. Оның жинақтаған ғылыми материалдары мен оның қорытындылары әлі күнге өз маңызын жойған жоқ. Оның еңбектері қазақ халқының мәдениеті мен тұрмысын зерттеуге зор ықпал етті.