Марқакөлдің батыс, солтүстік және солтістік-шығыс жағалауы ені 1-2 шақырым көл маңы шалғынды жазықтық болып табылады.
Оңтүстік және оңтүстік-шығыс жағалау жолағы салыстырмалы жіңішке,өйткені Азутау жотасы көлге дерлік тығыз тіреліп орналасқан.Жота баурайынан төмен түскен сілемдер көл ішіне кіріп, мүйістер түзуі тән. Жаға жолағы онша тілімденбеген, ирек, тек кей жерлерде ішке еніп тұрған мүйістер мен шағын шығанақтар бар.Көл жағалары көбіне лай, батпақты, ұсақ жұмыр тасты, тасты-тау, жынысты үлкен домалақ тасты және құмды жерлер кезектесіп отырады.Жағаны бойлай батпақты қайыңдық және шыршалық өлкелер, томарлы батпақтар,шалғынды және шалғынды-бұталы кеңістіктер созылып жатыр. Қорғалатын аймақ шекарасында, Марқакөл жағасында төрт үлкен елді мекен сақталған. Олар – Урунхайка, Матабай, Төменгі Еловка және Жоғарғы Еловка. Мұнда жергілікті халық тұрады және қорық кордоны орналасқан.
Көлді қоршап тұрған жоталардың тайгалы баурайлары салыстырмалы тік жарлы , түбінен тасқынды өзендер мен жылғалар ағып өтетін аңғарлар мен шексіз ормандардың бөліну оларға тән. Ормандарда балқарағай басым, тек солтүстік баурайларында қалың самырсынды-балқарағайлы екпе ағаштар кездеседі. Қарақат, таңқурай, үшқат және тобылғының биіктігі екі метр қалың өскен тоғайларынан тұратын, өтуі қиын биік шөптер ормен үшін тән жағдай.
Жотаның су айрықтарын суальпі мен альпі шалғындары,мүкті-қыналы,бұталы және тасты тундра алып жатыр. Тау шыңдары-әдеттегі тақыр тастар үшін тау жынысты үлкен домалақ тастар. Олар жиі үлкен көлемді жерді алып жатады. Күрішім жотасының солтүстік-шығыс бөлігінде қарлы шың құздар бар. Олар үлкен тік жарлы сайларға тілімделген және олардың түп жағында тоған тәрізді альпі көлдері бар.Сорвенский және Азутау шыңдары тегістеу келген, күмбез тәрізді.
Марқакөл көліне су 95 әр түрлі су көзінен келіп құяды. Едәуір ірі өзендер – Тополевка, Төменгі Еловка, Матабай, Жиренька, Шалғай және Жоғарғы Еловка, Тихушка, Матабайка мен Тығыз кілт. Бұлар кәдімгі тау өзендері, салыстырмалы жіңішке тасты арналы, ені 2-5 м, және өз сағасында атырауға ұқсас қиякөлең-қырықбуынды салдар түзеді. Қара Ертіске құйылатын, тек бір ғана өзен- Қалжыр ұзындығы 128 шақырым Марқакөлден басталады.
Көлдер қыста катады,6 қарашадан 4 желтоқсан арасында,орташа 20 қарашада мұз катады. Қалжыр өзеннінің қайнар козі ғана қатпайды, онда көк ала үйрек, айдарлы сүңгуірлер мен үлкен бейнарық қыстайды.
Кейбір өзендер арналарында Тополевка, Урунхайка шағын жылымдар болады. Көлдерде мұз жарылуы орташа 9 мамырда, ал муздан толық босауы 27 мамырда жүреді.
Ауа райы қатаң континентальды, қысы қары көп әрі қатаң және жазы қоңыржай әрі ылғалды. Марқакөл ауданы Қазакстан мен Алтайдың ең салқын жері. Тәуліктік орташа температура 0-тан жоғары 162 күнге,0-тан төмен 203 күнге созылады. Аязсыз кезең ұзақтығы -60-70 тәулік. Жазда температура 29-қа дейін көтеріледі. Қыста қатты аяздар болып, температура – 45-қа төмендейді, кейде тіпті -53 болады. Желтоқсан, ақпанда бірнеше апта бойы температура -35-40-тан түспей тұрып алады. Қазан басында алғашкы қар түседі. Қар жабыны әдетте қарашаның бірінші жартысында,ал кейбір 1984 жылы қазанның екінші, үшінші онкүндігінде тұрақталады. Қар 110-170 күн жатады. Қар жабынының орташа тереңдігі 87 см, қардың ең қалың кезеңі наурыздың бірінші, екінші онкүндігінде байқалады, яғни осы кезде қар көп түседі.Кей жылдары 1984-1985 ж. қар 150-200 см-ге дейін түседі. Әсіресе 1996, 1997,.1998, 2000,2001 жылдары қыста қар өте көп түсті, Марқакөл елді мекендеріндегі үйлердің шатырына дейін қар көміп қалды. Қар әдетте көл жағалауларында мамырдың бірінші онкүндігінде,ал тау су айрықтарында мамырдың соңы мен маусымның басында ериді. Мамырдың екінші жартысында 1983, 1984 және тамыздың үшінші онкүндігінде 1978, 1979 қар жауып,қатты сықтардың болуы жиі кездеседі.
Марқакөл қорығында төрт табиғи аймақта алты табиғи белдеу: нивальды (қарлы) белдеу, альпі тундралы-шалғынды аймақта альпі-тундралы және субальпі белдеулері, таулы-орманды аймақта таулы-тайгалы белдеу, таулы-далалы-орманды аймақта таулы-орманды-далалы және таулы-шалғынды далалы белдеу орналасқан.