Марқакөл мемлекеттік қорығы 1976 жылы 4 тамызда Шығыс Қазақстан облысының Күршім ауданы территориясында бірегей Марқакөл көлі мен қоршаған ландшафтың қорғау мақсатында құрылды. Қорықтың қазіргі көлемі 75048 га, оның едәуір бөлігін (46045га) Марқакөл көлі су айдыны алып жатыр. Құрғақ жері екі бөлімге: оңтустік –шығыс жағалауы мен Азутау жотасының сотүстік баурайы, Топалевка өзені аңғары мен Күршім жотасының су айрығы бөлігі бөлінген.Қорық көлемі 2221 га қорғалатын аймақпен қоршалған. Демелу шараларын іске асыру үшін көл айдынының шығыс бөлігінен көлемі 1500 га аймақ спорттық және әуесқой балық аулауына бөлінген. Қорықтың орталық бөлігінен географиялық координаты -49 16 солтүстік ендік солтүстік ендік және 86 37 шығыс бойлық. Орталық үй жайы Урунхайка елді мекенінде орналасқан.
Қорық жері Оңтүстік Алтай тауында орналасқан, ол Оңтүстік Сібірдің Таулы-тайгалы ландшафтысының оңтүстік-батыс шеті болып табылады.Физикалық-геогграфиялық аудандастыруына сәйкес Алтай таулы облысының оңтүстік Алтай провинциясына жатады. Марқакөл қорығы құрылғаннан бергі 30 жылда бірегей табиғат бірлестігін зерттеу мен қорғау жөнінде елеулі жұмыстар атқарылады. Осы уақыт аралығында қорық қызметкерлері омыртқалы жануарлар фаунасы есебін алды, жоғарғы өзекті өсімдіктересебі аяқталуға жақын, көл гидробилогиясы едәуір жақсы зерттелді.140-тан астам ғылыми еңбектер жарық көрді,оның ішінде бір монография бар. Зерттеу материалдарынан екі кандидаттық жұмыс қорғалды.Көпжылдық қорғау шаралары нәтежиесінде марқакөл майқабы мен хариусы, марал, бұлан, қара дегелек, балықшы тұйғын, аққұйрық су бүркіті мен басқа жануарлар папуляциялары қалпына келді. Шаруашылық пайдаланатын аймақта өсетін үшжапырақ субеде, жапырақсыз орашық, жатаған ақүрпек пен балтық сүйсіні түрлеріне қарағанда, қорық жеріндегі сирек кездесетін және құрып кету қаупі бар өсімдік түрлері жағдайы енді қауіп тудырмайды. 2005 жылы қорық шекарасын кеңейту жөніндегі көптен күткен жоба жұмысы жүргізілді, оған Тихушка мен Қалжыр өзендері аңғары арасындағы Күршім жотасына жақын баурайы мен Марқакөлдің солтүстік және батыс жағалауы кіреді.Жан аямай қорғау нәтежиесінде қорық ормандары өрт пен кесуден сақталды, шалғындар өзінің көп гүлдері және ашық бояуларымен көз тартады, ал Марқакөл біздің жеріміздегі ең таза және әдемі көлдердің бірі болып қалады.
Марқакөл – Алтайдың ең ірі су қоймасы,ол теңіз деңгейінен 1500 метр биіктікте әдемі тауаралық шұңқырда орналасқан.Көл сопақша созылған пішінді және солтүстік-шығыстан солтүстік-батысқа қарай созылып жатыр. Оның ұзындығы 38 шақырым,енінің ең кең жері 19 шақырым,жаға сызығының ұзындығы 106 шақырым,тереңдігі 24-27м. Көл шұңкыры қоршаған жоталардан : Күрішім-слтүстікпен батыстан,Азутау-оңтүстік пен шығыстан, Сорвенковский – солтүстік – шығыстан пайда болған. Жоталардың теңіз деңгейінен биіктігі 2000-3000 м. Ең биік жер — Ақсу-Бас.
Көлдің пайда болуы альпі тектоникалық айналымның төрттік дәуірдегі мұздық кезеңінің бірімен байланысты. Сол кездегі көтерулер мен төмен түсулер нәтижесінде қазіргі жоталар мен тауаралық шұңқырлардың қатпарлы жүйелері қалыптасқан, олар кейін мұздыққа айналған. Осы мұздықтар ізі Күршім жотасы ұшында жақсы байқалады.