Методикалық құрал дереу баспаға беріліп, тіпті Өзбекстанда да жарық көреді. Бұдан кейін орыс тарихшылары мен жергілікті ғалымдардың үлкен шоғыры бірлесіп, ерте дүниеден бастап сол кезге шейінгі қыры да, сыры да мол казақ тарихының бір томдығын жазу ісіне кіріседі. Бұл оңай жұмыс еместі. Орыс ғалымдарының көбі қазақ тарихын бұрын жете білмейтін. Оларға Алматы архивтерінің қоймалары кеңінен ашылып, ал Қазақстан Республикасы Ұлттык кітапханасында арнайы ғылыми оқу залы үйымдастырылады. Қонақтар қазақ халқының өмірімен де тікелей танысып, музей, театрларға барып, зиялы қауыммен де өзара байланыста болады. Сонымен бірге олардың арасында Ресей халықтары тарихының тұжырымдамаларын терең түсінетін КСРО Ғылым академиясы тарих институтының директоры, академик Греков (ол Ташкеятте турған), Панкратова, Дружишиндер болса, сол кезде-ақ Қазакстан тарихын зерттеп, Қазакстан тарихы очеркінің, Сырым Датұлы туралы монографияның авторы Ленинградтык профессор Вяткин, археолог Бернштам, Лурье, тарихшылар Кучхин, Зутис, Якумин, Миллер, Баевскийлер бар еді. Қазақ Ғылым академнясынан да белгілі ғалымдар, жазушылар кірді: Әуезов, Марғұлан, Мүсірепов, Мүқанов, Исмайлов, Кенжебаев, Покровский, Тимофеев. Осылардың ішінде ең жасы да, бірақ көзге түсер іс аткарғаны да Бекмаханов бодды. Кітапты радакциялауға жоғарыда есімдері аталғандардан басқа академик Мещанинов, Малов, Сауранбаевтар қатынасга. Жауапты редакторлыққа А. Панкрзтова және сол кездегі тәріп бойынша республика партяя Орталық Комитетінің идеология жөніндегі хатшысы Мұхамеджан Әбдіхалықов тағайыңдалды. «Қазақ ССР тарихын» дайындауда үлкен дау туғызған мәселе 1837—1847 жылдардағы Кенесары Қасымұлының көтерілісіне байланысты болды. Авторлар ұжымының талкысында С. Бекмахановтың көзқарасы қолдау тауып, сол тарауды жазу оған тапсырылады.
1943 жылы жазда ежелгі дәуірден сол кезге дейінгі кезеңді қамтитын тұңғыш «Қазақ ССР тарихы» Алматыда жарыққа шықты. Кенес республикаларының тұңғыш дербес тарихын
жазудың бастамасы болғандықтан және оған соншама беделді ғалымдар күш салғандықтан бұл кітап бірден көзге түсті. Басылым Сталиндік сыйлыққа ұсынылып, сарапшылардың алғашқы сынынан мүдірмей өтті. Бірақ авторлардың қуанышы көп ұзамай, керісінше, бірнеше жылға созылған бітпес дауға, ал Бекмаханов үшін трагедияга ұласты. Сталиндік сыйлық жөніндегі комнтеттің соңғы мәжілісінде КСРО Ғылым академиясьгаың корреспоңдент мүшесі Яковлев «Қазақ ССР
тарихы» орыстарға қарсы жазылған, зиянды кітап деген жөнсіз пікір айтып, сарапшыларды шошынтты. Сыйлық берілмейтін болды. Осы саяси қырағы Яковлев кім еді? Оның ойынша, Отан
тарихы біртұтас КСРО тарихы, яғни «орыс ұлты тұрғысынан» жазылған тарих болуы тиіс, әр республиканың жеке ұлттық тарихын жасау зиянды, интернационализм принципіне сай келмейді. Бұл негізінен сталиндік тұжырымдамаға сай келетін догмат, қатаң, ұлы державалық шовинистік көзқарас еді. Бірақ сол кездегі идеологиялық, саяси жағдайда «Қазак ССР тарихының» авторлары үшін кауіпсіз де емее екенін кейінгі окиғалар толық дәлелдеді.
Қазақ халқының тарихына субъективті, сыңар езу көзқарас Панкратова бастаған ғалымдар тобын бейжай қалдыра алмады. Тарих майданындагы жағдайды талқылауды Панкратова ВКП(б) Орталык Комитетінің алдына қояды. Ұсыныс қабылданып, 1944 жылы 29.V.— 8.VII аралығында көрнекті кенес тарихшыларының жиналысы өткізіледі, оны ВКП(Б)П ОК хатшысы Щербаков басқарып, жиналысқа тағы екі хатшы Андреев пен Маленков қатысып отырды.
Бірақ ОК шақырған кеңес мақсатқа жеткізбеді, тарихшылар екі үдайы пікірде қалды, ал партия хатшылары жен сөз айтудан бас тартты. Бұган көңіл толмаған Панкратова ОК атына жазған хатында Яковлевтің көзқарасы «Қазақтардың ұлттық сезіміне терең саяу салады» деп көрсетті (Письма Анны Михайловны Панкра-товой.— Вопросы истории, 1988, № 11. с. 54-79). Кеңестен кейін Яковлевтің өзі Панкратоваға келіп «Қазак ССР тарихында» әр жерден 10 беттен артпайтын көлемде өзгеріс жасау қажет. Жалпы кітап жақсы», деп көлгірсуі екі жүзділік пе, әлде шындықты мойыидау ма? Түсіну қиын. Дегенмен кенестегі азшылықтың пікірі баспасөз арқылы елге тарап кетті М. Морозов дегеннін рецензиясы «Большевик» журналында жарияланды (1945, №6). Морозовтың казақ тарихының маманы еместігі ғылыми жұртшылыққа айдан анық. Ол негізінен кеңестегі теріс пікірді жинақтаушы ғана. Ал теріс пікірдің ауыртпалығы алдымен Бекмахановқа түсті. «Қазақ ССР тарихынын» «жағымсыз 10 бетінің» авторы 1943 жылы 28 маусымда Мәскеуде «Қазақтардың Кенесары Қасымұлы басқарған азаттық күресі» деген тақырыпта кандидаттық диссертация қорғады. Ал 1946 жылы Бекмаханов докторлык диссертациясын қорғап, оны «Қазақстан XIX ғасырдың 20—40-жылдарында» деген атпен 1947 жылы жарыққа шығарды.
Осыдан соң Кеңесары көтерілісін сынаушылар анықтан-анық Бекмахановқа ауыз сала бастады. Бұрын «Қазак ССР тарихына» бағытталған сын пікір Бекмахановтың монографиясына ауысты. Бұл әсіресе жергілікті сыншыларға жеңілдік туғызды. Өйткені бір адамға жабылу «Қазақ ССР тарихының» авторларына, беделді ғалымдарға, мәскеуліктерге тиісуден гөрі оңайырақ болды.
Оның үстіне 1947 жылы Қазақстан компартиясы Орталық Комитетінің «Қазақ КСР Ғылым академиясы Тіл және әдебиет институтының өрескел саяси қателері туралы қаулысынан кейін «байшылдар» мен «ұлтшылдарды» әшкерелеу науқаны басталған болатын. Яғни 47-жылы «37-жылдың» исі шыға бастаған.
Ең әуелі ВАК-қа Бекмаханов негізінен Рязановтың жарыққа шықпаған қолжазбасын пайдаланған деген арыз түсті. Бұл істі тексерген академик Дружинин плагиат туралы пікірді толық теріске шығарып дәлелдеп берді.5
1948 жылы 28 ақпанда КСРО Ғылым академиясының тарих институтында Бекмахановтың монографиясы талқыланды. Бұған Алматыдан әдейі келген тарих ғылымының кандидаты Айдарова қатынасты. Тарих ғылымының кандидаттары Т. Шойынбаев пен М. Ақынжановтың жазбаша пікірлері оқылды. Қазақстандықтар Кенесары қозғалысы реакцияшыл, феодалдық-моиархиялық ұлтшылдық сипатта деген ортақ пікір айтты. Бұларға Дружинин, Бахрушин, Вяткин, Кучкиндер қарама-қарсышықты. Пікірталас қорытындысында академик Греков автордың жеке басына тиісу, оны буржуазияшыл-ұлтшыл деп айыптау ғылыми пікірталасқа жат әрекет екендігіне көңіл аударды.
Өкінішке қарай, Мәскеудегі дискуссия да шындыққа, ортақ пікірге жеткізбеді. Жанжал күшейе түсті. Осының дәлелі 1948 жылы шілдеде Қазақ КСР Ғылым академиясында Бекмахановтың кітабына арналған бес күндік дискуссияның материалдары. Мұнда кітапты сынаушылар тарапынан өте қатал пікір мен ұсыныстар болғаны көңіл аударады. Мысалы: «Бекмахановтың кітабы мазмұны жағынан негізсіз, буржуазияшыл ұлтшылдық сарындағы
идеясыз еңбек. Сондықтан оны пайдаланудан дереу шығарып тастау кажет». Немесе: «Еңбек ғылыми жағынан шатасқан, идеялық жағынан зиянды», «Кітапты Мәскеуде қолдаған жолдастар Бекмахановтың… ұлтшылдық ауытқуын заңдандырып отыр». Сонымен «ұлтшылдар» қатарына мәскеулік ғалымдар да өтіп кетті.
20—40-жылдардағы Қазакстан жөніндегі қарсы пікірлердің тепе-теңдігін бұзуға «Правда» газеті көмекке келді. 1950 жылы 26 желтоқсанда бұл газет Шойынбаев, Айдарова және Якуниннің «Қазақстан тарихы мәселелерін маркстік-лениндік тұрғыдан баяндайық» деген қатал сын мақаласын жариялады.