Қазақстанның тәуелсіз ел ретінде егемендікке қол жеткізгеннен кейін ғана басқа да зиялы қауым өкілдері секілді профессор Ж. Қ. Қасымбаевтың да бұған дейін ашық айтылмай келген ұлттық тарих, ұлттық сана ұғымдарына сай ғылыми пікірлері мен тұжырымдарын еркін айтып, жазуына мүмкіндік туғаны даусыз. Өйткені Кеңес Одағы тұсындағы идеологиялық қатаң талап пен ғылымдағы таптаурын жаттандылық кез-келген мәселеге «ұлы орыс халқының өзге бұратана халықтарға қамқорлығы» тұрғысынан қарауға мәжбүр еткен болатын. Тарихи оқиғаларға патшалық Ресей тұсындағы және одан кейінгі кеңестік кезеңдегі шын мәніндегі отаршылдық саясатты бүркемелеуге тырысқан осындай біржақты көзқараспен қарау қажеттігі туралы талапты өз әріптестерімен бірге Ж. Қ. Қасымбаев та мүлтіксіз орындауға міндетті еді.
Ж. Қ. Қасымбаев қазақ өлкесіндегі ұлт-азаттық қозғалыстың өте өзекті және маңызды сипаттары бойынша баға беруде әр түрлі пікірлердің орын алуына, бұл мәселедегі бірізділіктің жоқтығына зерттеушілер тарапынан отаршылдыққа қарсы күрес жүргізу барысындағы халықтың әлеуметтік-экономикалық жағдайына жеткілікті түрде, тереңірек мән берілмеуі салдарынан жол берілгенін дәл нақтылап берді. Қазақстан тарихындағы отаршылдық кезеңдегі ұлт-азаттық күрестің сипатына, қозғаушы күші мен басқа да себептеріне салыстырмалы түрде талдау жасауды мақсат ете отырып, Ж. Қ. Қасымбаев орыс тарихнамасындағы қате тұжырымдар мен біржақты көзқарастың кейінгі кезде жарық көрген зерттеулерге де тигізген кері әсері мен ықпалын жан-жақты көрсетті. Негізгі нақты түпнұсқалармен, оның ішінде мұрағаттық материалдармен, сонымен бірге әдеби ескерткіштер болып табылатын халық шежірелерімен терең таныспай жатып, патшалық биліктің үгіт-насихатына сай келетін деректерге ғана сүйенген жергілікті және шетелдік авторлардың еңбектеріне сыни талдау жасады.
Әсіресе, автор Ф. Энгельстің 1851 жылғы 25 мамырда К. Маркске жолдаған хатында кездейсоқ айтылған, Орталық Азияда, Қара және Каспий теңіздері жағалауларында тұратын халықтарға байланысты Ресейдің өркениеттілік қызметін атқарғаны туралы пікірінен үзіп-жұлып алынған үзіндінің ондаған жылдар бойы кеңестік орталық пен шығыстағы шеткері аймақ тарихшыларының азығына айналып, жергілікті халықтардың отаршылдыққа қарсы күресін бағалауда орынсыз түрде негізгі қағида етіп алынғанын өкінішпен атап еді. Бұл қазақтың үш жүзінің Ресей империясына қосылуының тарихи үрдісін бағалауда да басшылыққа алынып, ұлт тарихының әр түрлі кезеңдерін бағалауда біржақтылыққа ұрындырды.
Кезінде патша үкіметінің билігіне қарсы шығып, алып мемлекетті 300 жылдан астам уақыт билеп-төстеген Романовтар әулеті саясатының халыққа қарсы сипаты жайында барынша байбалам салған большевиктік теоретиктердің ел басқару тізгіні өз қолдарына тиген соң, тарихты бағалаудағы пікірлерін өзгертіп, ресейлік отаршылдық жүйені ақтауға кіріскенін Ж. Қ. Қасымбаев оғаш пікір, парадокс деп білді. Сөйтіп ол мәселе отаршылдыққа қарсы халықтың жалпы күресі барысындағы баскөтерулердің санын ғана анықтап қоюда емес, оның мазмұны мен бағыт-бағдарын, сондай-ақ ұлт-азаттық қозғалыстағы әйгілі Шыңғыс әулеттері, танымал батырлар, парасатты билер, белгілі ел ағалары атқарған қызметінің мәні мен маңызын да нақтылай түсуді ұсынды.
Қазіргі заманғы талаппен қарағанда еркін ойлы оқырмандардың биік талғамына кейбір идеологиялық сипаты сай келе қоймайтындай болып көрінгенімен, М.П. Вяткин, А.Ф. Рязанов, П.Г. Галузо, В.Я. Басин, Р.Б. Сүлейменов, А. Сабырханов, Е.Б. Бекмаханов, Г.И. Семенюк, Т.Ж. Шойынбаев және басқа бірқатар зерттеушілер Қазақстандағы ұлт-азаттық қозғалыс мәселесін танып-білу тарихнамасына елеулі үлес қосқанын жоққа шығара алмаймыз. Осы жәйтке ерекше тоқталған Ж.Қ. Қасымбаев аталған авторлардың еңбектерінде жинақталған аса мол деректік материалдар жаңа дәуір зерттеушілері үшін де барынша құндылығын әлі күнге дейін сақтап отырғанын еске салуы барынша қолдауға лайық.
Сонымен бірге тарихшы қазақ халқының жүздеген жылдар бойы жүргізіп келген тәуелсіздік үшін күресінің тарихын кезеңдерге бөліп, қарастыруда өзара келісім болмай келгеніне өкініш білдіреді. Осы мәселеге байланысты көптеген жылдар бойы жүргізілген зерттеулері, ізденістері, талдау, талқылау жұмыстары мен ғылыми айналымға енгізілген жаңа деректерді негізге алып, Қазақстан тарихындағы ұлт-азаттық қозғалыс кезеңдерін былайша дәуірлеуді ұсынды:
Бірінші кезең–дәстүрлі билік түрін сақтап қалу үшін жүргізілген күрес (ХVІІІ ғасырдың 40–70 жылдары–Әбілқайыр, Нұралы, Абылай дәуірі);
Екінші кезең–1783–1800 жылдардағы Кіші жүзде патша билігінің аграрлық-саяси жағынан жаулап алу іс-әрекеттеріне қарсы жүргізілген күрес;
Үшінші кезең–ХІХ ғасырдың 40–50 жылдарында хандық билікті қалпына келтіру үшін жүргізілген отаршылдыққа қарсы бағытталған көтерілістер;
Төртінші кезең–қазақтардың ХІХ ғасырдың 60–90 жылдарындағы өлкеде отаршылдық биліктің түпкілікті түрде орнатылып, орнығып қалуына қарсы күресі;
Бесінші кезең–әскери-феодалдық монархияның әлеуметтік және саяси жағынан беки түсуіне қарсы жүргізілген халықтық-азат ету қозғалыстары.
Ж. Қ. Қасымбаевтың Қазақстан тарихындағы ұлт-азаттық қозғалыстарды кезеңдер мен дәуірлерге бөлу жөніндегі бұл ұсынысы–көрнекті тарихшыЕ.Б. Бекмахановтың осы мәселе бойынша негіздемесімен үйлесім табатынын атап өтуге болады. Қазақ ұлттық тарих ғылымының көшбасшысы Е.Б. Бекмаханов өз кезінде халықтың бас көтерулерінің себеп-салдарын олардың әлеуметтік-экономикалық ауыр жағдайынан іздеген болатын.
Осы сабақтастықты жалғастыра отырып, Ж. Қ. Қасымбаев та қазақ өлкесі тарихын дәуірлік жүйелеу барысында патшалық Ресей ресми билігінің қазақтарды әдейі езгіге ұшыратуының әскери-отаршылдық жүйесіне деген жергілікті халықтың қарсылығы ұлт-азаттық қозғалыстың негізгі қозғаушы факторы мен күшіне айналды деген ғылыми тұжырымды берік ұстанды.
Ж. Қ. Қасымбаев кеңестік таптық көзқарас салдарынан патшалық билік жүйесіне деген жалпы халықтың қарсылығына азғантай ғана «ақсүйек әулеттері» өкілдерінің ішкі феодалдық бас көтеруі ретінде берілген біржақты бағамен мүлдем келіспеді. Ұлт-азаттық көтеріліске басшылық жасаған тұлғаларға байланысты Қазақстанның ғана емес, сонымен бірге көрші мемлекеттердің мұрағаттық қорларында сақталған құжаттарды да негізге алу қажеттігін еске салды. Аса күрделі болып табылатын осы мәселе бойынша қалың жұртшылықты шатастыратын пікірлерді ортаға салып жүрген кейбір зерттеушілердің орынсыз ой-тұжырымдарына ерік бермей, керісінше, тоқтам салу мақсатында қазақ халқының отаршылдыққа қарсы күресі тарихындағы көрнекті тұлғалар мен олардың қызметі, хандар мен билердің тарихтағы орны мен мән-маңызы туралы бағыт-бағдары нақты көрсетілген ғылыми жиындар өткізуді ұсынды. Осыған байланысты Қазақстанның Орталық Мемлекеттік мұражайы мен республика облыстарындағы тарихи-өлкетану мұражайларындағы деректік мұрағаттарды да уақыт талабына сай жаңартып, жаңғыртып отыру қажеттігін, мұның өзі жас ұрпақтың ұлттық тарихи сана-сезімін қалыптастыруда аса үлкен қызмет атқаратынын еске салды.
Осы пікірін ғалым республикалық «Егемен Қазақстан» газетінде жарық көрген мақаласында да одан әрі дамыта түсті.
Тарихшы жекелеген басылымдарда, әсіресе, тарихи зерттеулермен айналысуға тырысқан әуесқойлардың жеңіл-желпі ой түйіндеріне көз жібере отырып, ондай авторлардың базбір еңбектерінде қазақ жүздерінің Ресей империясына кіруінің себептерін кейбір белді сұлтандардың, хандардың халық мүддесінен гөрі жеке бастарының қамын көбірек ойлауынан, яғни ұлттық саналарының жойылуынан іздейтін біржақты қорытынды түюін барынша сынады.
«Шын мәнінде ХVІІІ ғасырдың 30–40 жылдарындағы халықтық сана үш жүздің үш аумаққа, үш хандыққа бөлініп кетуінен, өзаралық байланыс әлсіреп, тарихи ахуалға тәуелді болудан қалыптасқан еді», – деп жазады тарихшы Ж. Қ. Қасымбаев.
Әр халық (тарихи-географиялық жағынан жүздік) өзінің оқшауланған ішкі өмірінің жағдайына басым көңіл аударып, басты саяси апат–жоңғар шапқыншылығына мүмкіндігінше тойтарыс беруге тырысты. Жеке хандардың, белгілі ат төбеліндей сұлтандардың, құрметке бөленген айбынды батырлардың үш хандықтың басын құрауға бағытталған қимыл-әрекеттері оң нәтиже бере қоймады. Рулық жіктелуден, жершілдік оқшауланудан күш алған психология көп жағдайда ұлттық патриоттық сананы кейін ысырып отырды. Осындай жағымсыз құбылысты кейіннен «бөліп ал да билей бер» деген ұранды жадында ұстаған отаршыл-әкімшіл жүйе қалай пайдаланды десеңізші».
Ғалымның жоғарыда аталған, т.б. еңбектерінде қазақ халқының тарихындағы ұлт-азаттық көтерілістердің себептері, олардың қозғаушы күштері және маңызы жайында тың тұжырымдамалар жасалған.