Балықтардың ас қорыту жүйесі асқорыту жолынан және асқорыту бездерінен (бауыр мен ұйқы безі) тұрады.
Асқорыту жолы. Ауыз тесігінен басталады және ауыз қуысы, жұтқыншақ, өңеш, қарын, ішек және аналь тесігі немесе клоака. Балықтардың коректенуі сипатына сәйкес бұл бөлімдердің құрылысында айырмашылықтар болады.
Дөңгелекауыздылардың ауыз аппараты сорғыш типті, ол жиегі майда бүршіктермен қоршалған сорғыш воронкадан басталады. Ауыз тесігі воронканың түбінде. Жақтары жоқ, ал воронканың ішкі бетінде мүйізді тістері орналасқан. Ауыз қуысында, тісті, жақсы жетілген тілі бар, тілдің қаңқасы негізінен тіласты шеміршектен тұрады. Дөңгелекауыздылар воронканың көмегімен өзінің жемтігіне сүлікше жабысады, ал тісті тілімен оның денесін теседі. Сосын жараға белоктарды ыдырататын антикаогулянттар мен ферменттер бөледі, жартылай қорытылған тамақты ауыз қуысына сорады.
Балықтардың ауыз тесігі қоректену әдісі мен қоректің сипатына сәйкес әрқалай пішінді және әртүрлі орналасқан.
Жыртқыш балықтарда – үлкен тісті ұстайтын ауыз.Көптеген бентофагтарда сорғыш түтіктектес, кейде созылмалы, әдетте тіссіз (тұқылар, теңіз тебені т.б.). Күшті дамыған пластинка және тікенек тәрізді тістері бар тісті-балықтың (зубатка) аузы-уатушы ауыз. Планктофагтардың аузы үлкен немесе орташа көлемді. Тістері майда немесе жоқ (майшабақтар, анчоустар, ақсахалар т.б.) Перифитон коректі түрлердің аузы басының астында саңылаутектес, ал төменгі ернінде мүйізді тыс-қабыршақ болады (қызылкөз, храмуля, қарабалықтар мен көкбастардың кейбір өкілдерінде т.б.).
Көпшілік балықтардың ауыз қуысындағы жақтарында тістері болады-іріленген және пішінін өзгерткен плакоидты қабыршақтар. Тістің сыртын эмалтектес-витродентин қаптаған, оның астында дентин (сүйектен де берік) орналасқан. Тістің ішкі қуысы жүйкесі және қан тамырлары бар дәнекертканьді қоймалжың затқа толы. Әдетте тістердің түбі болмайды, сондықтан тозғандарының орнын жаңалары басады. Бүтінбастылар мен қостыныстылардың тістері үздіксіз өседі. Көптеген момын балықтардың, мысалы тұқылар, ауыз қуысында тіс болмайды. Жыртқыштардың істік, ішке қарай иілген тістері жемін ұстауға бейімделген.
Тістер тек жақ сүйектерінде ғана емес, ауыз қуысындағы басқа да органдарда (таңдай, өре, тіл т.б.) болады. Көптеген скаттардың тісі жалпақ. Тісті-балықтардың алдыңғы конусты тістері жемін ұстауға, ал жалпақ бүйір және ртқы тістері – моллюскілерді, терітікенектілерді, теңіз жұздыздарын уатады. Тебенқұсақтәрізділердің (Tetraodontiformes)алдыңғы тістері өзіне тән тұмсыққа айналған, осы тұмсығымен өсімдіктер мен маржандардың бөлшектерін үзіп алады, ал кейін ығысқан қалғандары тамағын майдалайды. Балықтардың көпшілігі (тұқылар мен кейбір басқалары) тамағын түгел жұтады. Пиранья өте өткір тістерімен ірі жемтігінен ет кесектерін қиып алады.
Балықтарда ауыз қуысынан шыға алатын нағыз тіл болмайды. Оның қызметін шырышты қабы бар тіласты доғасының тақ элементі (копула) атқарады.
Ауыз тікелей жұтқыншаққа ауысады, бұның қабырғаларында сыртқа ашылатын, желбезек доғалары қоршаған желбезек саңылаулары бар. Желбезек доғаларының ішкі ойық бетінде, құрылысы қоректену сипатына байланысты, желбезек өскіндері болады. Желбезек өскіндері қарапайым және желпуіштәрізді, ұзын және бүршіктітектес, қатты және майысқақ т.б. болып келеді. Жыртықштардың желбезек өскіндері азсанды, сирек тұрпайы, қысқа болады және негізінен желбезек жапырақшаларын қорғау және өте шырышты корегін ұстап қалу қызметін атқарады. Планктофагтардың желбезеке өскіндері көпсанды, ұзын, жіңішке –судан корегін сүзіп алу қызметін атқарады.Фитопланктонмен коректенетін дөңмаңдайдың желбезек өскіндері ерекше тор сияқты. Кейбір балыфқтардың (майшабақтар, албырттар, кейбір тұқылар т.б.) бірінші желбезек доғасындағы желбезек өскіндерінің саны систематикалық белгі болады. Планктофагтардың түгелге жақыны коректенген уақытта суды сүзу үшін аузын ашып, желбезек қақпақтарын томпайтып жүзеді.
Кейбір балықтардың –микрофитофагтар (дөңмаңдай)-жұтқыншағының дорсальді қабырғасында ерекше желбезекүсті орган дамиды, ол балықтың екі жағында төрт желбезек доғасының жоғарғы элементтерінен пайда болған оңашаланған тұйық спиральді клапандар сияқты, бұл қуысқа желбезек өскіндерінің ұштары енеді. Желбезекүсті органының қызметі майда тамақты, әсіресе фитопланктонды, жентектеу (шоғырландыру)
Жыртқыш балықтарда жоғарғы және төменгі жұтқыншақ тістері болады. Жоғарғы жұтқыншақ тісі желбезек доғаларының ең жоғарғы элементтерінде, төменгі жұтқыншақ тістері бесінше жетілмеген желбезек доғасында болады. Олар майда тісшелері бар алаңша сияқты. Жыртқыштардың жұтқыншақ тістері, желбезек өскіні сияқты, шырышты олжасын ұстау қызметін атқарады.
Тұқылардың, бесінші жетілмеген желбезек доғасындағы, төменгі жұтқыншақ тістері күшті дамыған. Жұтқыншақтың төбе қабырғасында уатушы болады – қатты мүйізді зат, ол жұтқыншақ тістерімен бірге тамақты майдалауға қатысады. Бұл жұтқыншақ тістермен бірге тамақты майдалауға қатысады. Бұл жұтқыншақ тістер бірқатарлы (тыран, торта т.б.) екіқатарлы (шемей, балпан т.б.) үшқатарлы (сазан, құаяз т.б.) болуы мүмкін. (29сүр) Пішіндері әртүрлі: қармақтәрізді, кетікті, тегіс, ойық, т.т. Осындай тісті балықтарда бұлардың систематикалық маңызы бар. Жұтқыншақ тістері сондай-ақ губандарда (Labridae), тоты-балықтарда (Scaridae) және кейбір камбалаларда болады.
Жұтқыншақ, ішкі беті ұзын қатпаршақты, өңешке жалғасады. Тебенқұрсақтылар отрядының өкілдерінде өңеш ауа қапшығын құрайды, ол денесін месше үрлеп үлкейтеді.
Көпшілік балықтардың өңеші қарынға жалғасады, қарынның ——коректену сипатына байланысты. Шортанның қарны жұмсақ тұт сияқты, сырттай өңештен айырмашылығы жоқ, алабұғада-соқыр ішек сияқты, ал кейбір балықтарда V әрпі сияқты иілген. Басқын балықтарда (кефалдар) қарны кішкентай, бірақ екі бөлікті: алдыңғысы безді, артқысы етті, онда тамақ майдаланып араласады. Қарынның алдыңғы беті кардиальді, артқысы- пилорикалық деп аталады. Сонымен қатар тұқыларда, қостыныстыларда, бүтінбастыларда, теңіз әтештерінің көптеген бұзаубас-балықтарда, теңіз шайтанында қарын болмайды. Бұларда тамақ өңештен бірден ішекке түседі, ішек үш бөлімнен тұрады алдыңғы (ащы), ортаңғы (тоқ), және артқы (тік). Ащя іщекке бауырдың және ұйқы безінің өзектері ашылады.
Ішектің ішкі беті қатпаршақты. Қарны жоқтар мен майда бентофагтарда (тұқылар, бұзаубас-балықтар т.б.) ішек қатпаршағы ала ірі бентофагтарда (қаяз т.б.) олар едәуір биік, ал жыртқыштарда –биік әрі жұқа.
Ішегі қысқа балықтарда сіңіру аймағын кеңейтетін бейімделуші болады. Дөңгелекауыздылар, шеміршекті, шеміршекті және сүйек ганойдты, қостынысты, саусаққанатты балықтардың ішегінің қабырғасында өскіндер – спиральді клапан болады. Миногалар ол жарты айналым , ал акулалар – 50 дейін. Нағыз сүйекті балықтардың арасында спиральді клапаны нашар дамығандары кездеседі-олар кейбір- албырттар, салакалар. Басқа нағыз сүйекті балықтарда асты сіңіру аймағы пилорикалық қосалқалар мен ішектің ұзаруы арқылы үлкейеді.
Пилорикалық қосалқалар көптеген балықтарда (майшабақтар, албырттар, скумбриялар, кефалдар, алабұғалар т.б.) болады. 1 ден 200 дейін болатын олар ішектің алдыңғы бөлігінен басталады. Бекірелердің пилорикалық безге айналған, ол ішекке бір кең тесікпен ашылады. Пилорикалық өсінділер тамақты, сіңіру аймағын кеңейтумен қатар ферментативтік қызмет атқарады деген болжам бар. Кейбір балықтардың пилорикалық қосалқылары систематикалық белгі (албырттар, кефалдар, т.б.) Балықтардың ішегінің ұзындығы оның тамығының құнарлығына байланысты, әртүрлі балықтардың ішегінің ұзындығы сол балықтың ұзындығына қатынасы 0,5 тен 22,0 дейін болады. Ең қысқа ішек жыртқыш балықтарда болады. Бұлардың ішегінің ұзындығының дене ұзындлығына қатынасы 1 шамасында немесе онан аз (шортандарда 1,2). Фитопланктонмен қоректенетін дөңмаңдайлардың ішегінің ұзындығы дене ұзындығынан 16 есе артық.
Қарны жоқ балықтар тамақтыаз бөліктермен (порция) жейді және ішегін тез босатады. Қарны үлкен жртқыш балықтардың тамағын қорытуы 3-6 тәулікке созылады және де басынан бастап жұтқан олжасы қарынға біртіндеп оның қорытылуына сәйкес жылжиды.
Ішек аналь тесігімен аяқталады, ол әдетте жыныс және зәр тесіктерінің алдында орналасқан. Дегенмен гимнотидтердің (Gymnotoidei,Cypriniformes) аналь тесігі кеуде қанаттарының алдында, ал электрлі жыланбалықтарда – тамағында орналасқан. Клоака шеміршекті және қостынысты балықтарда сақталады.
Ас қорыту бездері: Бауырда ішектен келген улы заттар залалсыздандырылады, майларды эмульгациялайтын және ішек жиырылуын үдететін өт түзеледі, белок углеводтар синтезделе гликоген, май, витаминдер қорланады (әсіресе акулалар мен трескаларда).
Шеміршекті балықтардың бауыры үш бөлшекті. Оның салмағы дене салмағының 10-20 % жетеді. Көптеген тұқылардың да бауыры үш бөлшекті, бірақ сазанда (тұқыда) екеу, ал шортан мен алабұғада біреу. Көптеген нағыз сүйекті балықтардың бауыры екі бөлшекті.
Көптеген балықтардың бауырында ұйқы безінің ткані болады, гепатопанкреас деп аталады.
Тұтас жекеленген ұйқы безі тек шеміршекті балықтар мен бекірелерде ғана болады. Нағыз сүйекті балықтардың ұйқы безінің ұлпасы, бауырдан басқа, өт көпіршігі мен оның өзегінің, көкбауырдың (талақ) маңында, ішек шажырқайында болады. Ұйқы безінің бұндай клетка топтары майлы ұлпамен қоршалған, оны гистологиялық зерттеусіз жеке бөлу мүмкін емес. Ұйқы безі ішекке майларды, белоктарды және углеводтарды қорытуға себепші ферменттер бөледі.