Клетканың жалпы морфологиясын оқып-үйрену зерттеу әдістерінің дамуьша тығыз байланысты. Цитологиядағы негізгі зерттеу әдісі — клеткалардымикроскопиялау. Қазіргі кездің өзінде де жарық мик-роскопы зерттеу қүралы ретінде өзінің маңызын жойған жоқ. Бірақ та тірі материал өзінің мөлдір және жеке клет-калардың қалың болуына байланысты зерттеуге қолайсыз. Сондықтан көбінесе фиксацияланған (бекітілген) матери-алмен жүмыс істелінеді. Одан жүқа кесінділер дайындап, оларды түрлі бояғыштармен бояиды. Қалыңдығы 5-10 мкм кесіндіні арнаулы қүрал микротом арқылы дайындайды. Сапалы бекіткіш объектінің тірі күйіндегі қүрлымын кеп өзгертпейді. Бекіткіш үлпаны тығыздайды және автолиз процестерін тоқтатады. Кейбір бекіткіш сүйықтар белгілі қүрылымдардын бояулармен боялу қабілетін арттырады.
Жиі колданылатын бекіткіштер: формальдегид, қосхромдық қышқыл калий, сірке, пикрин және осмий қышқылдары мен этил спирті. Жақсы бекіткіш сүйықтардың қоспалары көпшілігі оларды үсынған зертте-ушілердің аттарымен аталған (Буэнің, Карнуаның коспалары). Бекіткеннен кейін обьектіні үлпаға сіңетін ортаға батырады (мысалы, целлоидин немесе пара-фин). Осы тығыздаушы заттар жаксы сіңу үшін үлпанын бөлшегінен этил спиртінің көмегімен суды ығыстырып шығарады, содан кейін кислолға немесе толуолға салады. Алдын-ала істелетін бүл екі кезең үлпаға парафин сіңу үшін қажет. Жылы сүйық парафин үлпаға сіңеді де, қатып калады. Микротомның көмегімен парафин блогынан шы-ныға бекитін жүқа кесінділер дайьшдалады. Кесінділерден парафинді ксилолдың көмегімен шығарады. Осыдан кейін кесіндіні бояиды. Көбінесе үлпаны гематоксилинмен және эозинмен бояиды. Гематоксилинмен боялатын қүрылымдар-ды базофильдік деп атайды. Эозинқышқыл бояу байланы-стыратын клетканың компоненттерін ацидофильдік немесе эозинфильдік дейді. Бүл қүрылымдарды тірі клеткада бел-сенділіккүйіндекөруүшінәртүрлімикроскоптар шығарылған: фаза-контрастық, поляризациялық, флуорес-центтік, тағы басқалары. Бүл микроскоптардың бәрі жа-рықты пайдалануға негізделген. Соңғы кезде электрондық микроскоп та кең қолданылып жүр.
Электроңды микроскопты 1931 жылы Девиссон мен Калбек Германияда шығарған. Клетканың біршама анық көрінісін Руска мен Кнолль 1934 жылы алған болатын. 1950 жылы алғаш рет ультражүқа кесінділер алынған. Электронды микроскопқа препарат дайындайтын күралды ультрамикротом деп атайды. Электроңды микроскоптың көрсету мүмкіндігі ете жоғары. Электронды микроскоп жа-рық микроскопына қарағаңда клетканы 100000 есе артық үлкейтеді. Қазіргі электронды микроскоптың көрсеткіштік мүмкіңдігі 0,1-0,3 нм-ге дейін жетеді. Клетканың барлық ультрақүрылысын молекулалық деңгейде зерттеуге мүмкіншілік береді. Электроңды микроскопта жарық сәулесінің орнында электрондар ағысы қолданылады. Жа-рық микроскопыңдағы объектив пен окулярдың ролін элек-троңды микроскопта электромагниттік линзалар атқарады. Сейтіп объектінің бейнесі экранға түседі.
Электронды микроскоппен зерттеу үшін үлпалар бөліктерін негізінде жарық микроскопымен зерттегендей өңдеуден өткізеді. Бекітуді ерекше үқыптылықпен жүргізу керек, себебі макромолекулалық деңгейге дейінгі клетка-ның қүрылысын сақтау қажет. Көбінесе екі рет бекітуден өткізеді — алдымен глутаральдегидте немесе формальде-гидте. Кейін осмий ангидритының ерітіндісінде бекітеді. Сіңіру ортасы ретіңде жасанды смола, аралдит немесе эпон қолданылады. Қалыңдығы 50-100 нм кесіндіні әйнек пы-шактармен дайындайды. Радиоавтография әдісі метабо-лизмдік процестердің динамикасын зерттеуге мүмкіншілік береді.
Соңғы жылдары гистохимиялық тәсілдерді электроңды микроскопиялық әдіспен бірге жүргізу, болашағы мол жаңа бағыттың — электронды гистохимияның дамуына әкеліп соқты.
Қазіргі кезде сапалық тәсілдермен бірге үлпалар мен клеткалардағы түрлі заттардың мөлшерін анықтайтын сан-дық гистохимиялық әдістер қолданылып жүр.
Липидтерді зерттеген кезде бекітілген үлпаны парафин-деуге болмайды, себебі спирттер арқылы өткізген кезде липидтер ериді. Соңдықтан оны криостатта мүздатылған күйінде кесу керек. Этил спиртінде сусыздандыру үлпаның көлемін кемітеді. Суды лиофилизация (мүздатылған күйіңде кептіру) тәсілімен жоюға болады. Үлпаны тез мүздатады (мысалы сүйық азотпен), содан кейін төменгі температурада вакуумде сусыздандырады. Лиофилизация-ланған үлпаның бөлігін формальдегид буында бекітеді де парафинге салады.
Биологиялық жүйелердің қүрылысы мен функциясы жөніндегі толық мәліметтерді алу үшін қүрылымдарды тірі күйінде зерттеу керек.
Бүл кезде клеткалар тірі клеткалардың негізгі қасиеттерін үзақ уақыт (он жылға дейін, тіпті онан да көп) сактайды. Тірі клеткаларды кинопленкаға түсіріп алуға да болады.
Тірі клеткаларды зерттеген кезде микрохирургия әдісін де қолданады. Микроманипуляртор деп аталатын күралмен клетканы кеседі, ішінен бөліктерін шығарып алады. Опера-цияның барысын микроскоп арқылы байқайды. Микрохи-рургиялық қүралдар — өте кішкентай шыны қармақтар, инелер, капиллярлар. Микроманипуляцияны арнаулы ка-мераларда жүргізеді.
Рентгенструктуралык талдау әдісі рентген сәулелерінің дифракция қүбылысына негізделген цитоплазма мен ядро-ның қүрамына кіретін белоктардың, нуклеин қышқылдарының және басқа заттар молекулаларының қүрылысын зерттеу үшін колданады. Бүл тәсіл молекула-лардың кеңістіктегі орналасуын анықтауға, олардың ара қашықтықтарын елшеуге мүмкіншілік береді.