Ас қорыту жүйесі. Ас қорыту жолының үлкен бөлімдерге бөлінуіне және жаңа бөлімдердің пайда болуына байланысты қосмекенділердікімен салыстырғанда әлдеқайда күрделі. Бауырымен жорғалаушылардың тісі болады. Олар жоғарғы жақ және төменгі жақ сүйектеріне орналасқан. Тістердің негізі қызметі азықтарын тістеп ұстау. Ауыз бездері қосмекенділердікімен салыстырғанда күшті жетілген. Тасбақа мен крокодилдердің мұрын жұтқыншақ жолы ауыз қуысынан тандай сүйектері арқылы бөлінген. Ауыз қуысының таңдай сүйектері арқылы бөлінген. Ауыз қуысының түп жағында атылып шығуға бейімделген тіл орналасқан. Тілінің (формасы) пішіні әртүрлі болады, ол қоректік заттарды ұстау тәсілімен сипатталады. Мысалы, жыландар мен кесірткелерде тілі жіңішке, ұшы екі айыр болады. Жұтқыншақ, өңеш және қарын жақсы дамыған. Бауыр мен ұйқы безі жақсы жетілген. Бауырдағы өт жолы да ұйқы безінің ашылатын жеріне келіп ашылады. Аш ішек тоқ ішекке қарағанда ұзындау, ал тоқ ішек клоакаға жалғасады. Қазіргі бауырымен жорғалаушылардың басым көпшілігі жануар тектес азықтармен қоректенеді. Ұсақ насекомдармен (кесірткелер) ірі сүтқоректілерге дейін (крокодилдер мен Сарбас жылан – удав) жейді. Өсімдік тектес азықтармен қоректенетін (тасбақалар) аз кездеседі.
Нерв жүйесі. Бауырымен жорғалаушылардың нерв жүйесі қосмекенділерге қарағанда күрделі құрылысты болады. Бауырымен жорғалаушылардың күрделі өмірімен байланысты алдыңғы ми сыңарлары сүр заттарының үстіңгі қабаты ми қабығына айнала бастады. Бұлардың жылдам қозғалуына байланысты мишығы күшті дамыған. Ми жарты шарлары үлкен, олардың мидың сүр затынан тұратын қыртысы болады, бірақ қыртысы әлі де жақсы жетілмеген. Жұлын құрылысы күрделенген ұзын болып келеді.
Тыныс алу жүйесі. Бауырымен жорғалаушылар тек қана өкпемен тыныс алады. Терісінде мүйізді қабаттың пайда болуына байланысты құрғақ тері қосымша тыныс алу мүшесінің қызметін атқара алмайды. Өкпенің құрылысы күшті қызмет етуге байланысты күрделіленген, қосмекенділердікіне қарағанда жетілген. Өкпесінің пішіні қапшық тәрізді оның іші өте ұсақ ұяшықтарға бөлінген. Көмекей қуысы оймақ тәрізді көмекейден ұзын кеңірдек кетеді. Кеңірдек екі бронхаға тарамдалып, өкпеге жалғасады. Тыныс алу және шығару көкірек қуысының кеңейіп, тарылуы нәтижесінде орындалады.
Көбеюі. Жыныс бездері дене қуысында омыртқа жотасының екі жақ бүйірінде орналасқан. Аталық бездері мен аналық жұмыртқалары жұп. Еркектерінде шағылысу мүшесі (копулятивті) болады. Жыныс диморфизмі еркектері мен ұрғашыларында сыртқы реңі (окраска) немесе үлкен-кішілігімен ажыратылады. Еркектерінің екі дөңгелек ұрық безі (два семенника), екі ұрық безінің қосалқы (придатка семенника), екі ұрық өткізгіші (вольфов каналы) және шағылыс мүшесі болады. Ұрғашыларында екі аналық жұмыртқа және клоакаға барып қосылатын екі жұмыртқа жолы (мюллеров каналы) болады. Ұрықтану тек қана ұрғашысының ішінде өтеді. Бауырымен жорғалаушылар жұмыртқа салу арқылы көбейеді. Олардың жұмыртқалары қоректік сары уызға бай, ұрық осы уыздың есебінен өсіп жетіледі, содан кейін ересек түріне ұқсас бала жарып шығады. Жетілген аналық жұмыртқа жолының воронка тәрізді ұшына түседі. Ұрғашы және еркектің гаметалары жұмыртқа жолының жоғарғы жағында қосылып ұрық (зигота) түзейді. Ұрық жұмыртқа жолымен жылжи отырып, оның орта кезінде белокты қабыққа оралады, ал ұрық қолының артқы жағында известі сіңген қатты қабығы пайда болады.
Жыландар мен кесірткелердің кейбір түрлерінде ұрғашылары партеногенетикалық жолдармен көбейетіні байқалып жүр. Мұндай жолдармен көбейетін бауырымен жорғалаушылардың түрлерінде еркегі болмайды. Көбеюдің мүндай жолдары толығымен жер бетінде тіршілік етуіне тығыз байланысты.
Дамуы. Тура дамиды. Бауырымен жорғалаушыларда личинка болмайды. Олардың кейбір түрлерінде ұрық ұрғашысының жыныс жолдарында дамып, жұмыртқа сыртқа шыққанда бірден ішінен жетілген бала шығады, демек мұндай түрлер үшін (жұмыртқадан жетіліп туу) жұмыртқа тірі туушылық (яицеживородящие) тән сипат алады. Мысалы, жұмыртқадан жетіліп туу таулы аудандарда, солтүстік суық жерлерде тіршілік ететін бауырымен жорғалаушылардың арасында кең таралған (медянка, тірі туатын кесіртке, тибетская кргулоголовка, теңіз жыландары т.б.). Бауырымен жорғалаушылардың арасында көгалілік тіршілігін судың ішінде өткізсе де (крокодилдер, көптеген тасбақалар, кейбір жыландар) жұмыртқа салу мен дамуы тек қана құрлықта өтеді.
Сезім мүшелері. Жер бетінде тіршілік етуіне, әртүрлі тіршілік жағдайларына сәйкес сезім мүшелері дамыған. Сезім мүшелерінің ішінде жақсы дамыған көз. Тек жыландар мен геккондарда ғана қабағы мөлдір өсіп кеткені білінбейді. Иіс мүшелері де жақсы жетілген, тыныс алу жолының төменгі жағында арнайы иіс сезу жолы бар. Иіс жолының жұтқыншаққа ашылатын төменгі бөлімі мұрын жұтқыншақ жолын құрады. Бұған қосымша якобсон мүшесі болады. Бұл ауыз ішіндегі тамақ иісін айырады. Жыландар тілін ауызынан шығарып, кейбір заттарға тигізеді, сол кезде иісі бар заттың ұсақ түйірі тіліне жабысады да, қайтадан тілмен бірге ауызға кіреді. Осы сәтте якобсон мүшесі оның иісін ажыратып, затты айырып береді.
Есту мүшесі қосмекенділердікі сияқты ішкі және ортаңғы құлақтан тұрады. Ортаңғы құлақтың қуысына бір есту сүйегі — үзеңгі (стремя) болады. Сезу және иіс мүшелерін пайдаланып жыландар (кобра, эфа, оқжылан, қалқан тұмсық, қарашұбар жылан) өздерінің азықтарын іздейді. Ал көз және есту арқылы кесірткелер (кесел, геккондар т.б.) жемдерін ұстайды. Ал кейбір бауырымен жорғалаушылар мысық сияқты аңдып отырып тап береді. Оларға қара жылан, құмжыланды (удавчик) жатқызуға болады.
Денесінің сыртқы көрінісіне қарай кесіртке тәрізділер, жылан тәрізділер, тасбақа тәрізділер болын үшке бөлінеді. Құрлықта тіршілік етуіне сәйкес қаңқалары түгелімен сүйектенген. Омыртқа жотасы, қосмекенділерге қарағанда қозғалмалы болып, бес бөлікке бөлінген: мойын, арқа, бел, сегізкөз, құйрық. Кесірткелердің мойын омыртқасының саны 8. Олардың ішінде екі омыртқаның құрылысы ерекше. Бірінші мойын омыртқасын (аназ) ауыз омыртқа, екіншісін -эпистрофея деп атайды. Мойынның мұндай құрылысы оның қозғалмалы болуына әсерін тигізеді.
Бел — көкірек бөлімінің омыртақалары 22 болады (кесірткелерде). Бұлардың барлығында да қабырғалар бекиді, оның ішінде бес қабырға төс сүйегіне бекиді. Соның нәтижесінде көптеген бауырмен жорғалаушыларға тән көкірек қуысы пайда болады. Жыландарда төс сүйегі болмағандықтан көкірек қуысы да болмайды. Сегізкөз екі омыртқадан тұрады, бұлардың көлденең өсінділеріне жамбас сүйектері бекиді. Құйрық бөлімінде (тасбақадан басқасында) омыртқалар көп. Аяқтарының сүйектері қосмекенділермен салыстырғанда жақсы дамыған. Сүйектер бір-бірімен қозғалмалы буындар арқылы байланысқан.
Иық белдеуі. Үш сүйектен қалыптасқан: каракоид, жауырын және жауырын үсті шеміршек.
Жамбас белдеу. Жамбас белдеуі мықын сүйектен, шонданай сүйегінен және шап сүйегінен тұрады.
Ет жүйесі. Оларда мойын бөлімінің пайда болуы бес саусақты аяқтың дамуы, жалпы дененің бөліктерге жіктелуі мен осының бәрі ет жүйесінің күрделенуіне себепші болады. Әсіресе, тыныс алуды реттеуге қатысатын аралық еттердің пайда болуы бауырымен жорғалаушылардың тіршілігіндегі ерекшелік.
Қан айналысы. Қосмекеңділердікі сияқты жүрегі үш камералы, бірақ қарыншаның төменгі жағынан қарыншаны бөлетін өскін пайда болады. Крокодилдерге бұл жерде толық жетіліп, қарыншаны қақ бөліп, төрт камера болады (екі жүрекше, екі құлақша). Басқаларында қарынша толық екіге бөлінбеген. Сондықтан қосмекенділердікі сияқты жүректен бір ғана қан тамыры емес, бауырымен жорғалаушыларда үш қан тамыры кетеді. Сол жақ жүрекшеге артерия қаны келіп құяды — ол өпкеден келеді. Оң жақ жүрекшеге вена келіп құйылады — ол бүкіл денеден жиналып келеді. Өкпе артериясы вена қанымен келіп құяды. Содан кейін екі жүрекшедегі қан қарыншасында араласады. Қан қарыншада пайда болған өскіннің (перде) арқасында қосмекенділердікіндей толық араласпай, аздап қана араласады. Сайын келгенде бауырымен жорғалаушылардың мүшелері негізінен аралас қанмен қамтамасыз етіледі, бірақ қосмекенділерге қарағанда қан құрамында оттегі көп мөлшерде кездеседі де зат алмасу процесін шапшандатады. Бауырымен жорғалаушылар, қосмекенділер сияқты суыққанды жануарлар қатарына жатады. Олардың денесінің температурасы қоршаған ортаның (ауаның) температурасына байланысты болады. Салқын күндері кесірткелер мен жыландар аз қозғалады, ал суықта шалажансар болып қалады. Керісінше, ыстық күндері олардың тіршілік әрекеті артады.
Зәр шығару жүйесі. Бауырымен жорғалаушыларда зәр шығару жүйесі күрделі дамыған. Жамбас бүйректерінен немесе метанефростан (metanephros) тұрады. Балықтар мен қосмекенділердің ересектерінде дене бүйректері немесе мезанефрос (алғашқы бүйрек) деп аталатын бүйректер қызмет етеді. Ал дене бүйректері бауырымең жорғалаушыларда ұрық жұмыртқадан шыққанша, кейде жұмыртқадан шыққан соң біраз жұмыс істейді. Жамбас бүйрегі дамып қалыптасқан соң, дене бүйрегі қызметін тоқтатады (редукцияланады). Жамбас бүйрегі жетілген соң зәр шығару түтігі пайда болады. Арқа жағынан келіп сол және оң зәр шығару түтіктері клоакаға келіп құйылады. Құрсақ жағынан клоакаға қуық ашылады. Крокодилдердің, жыландардың және кейбір кесірткелердің қуығы жетілмеген.